这应该相对简单，但由于某种原因，我被难住了。
我想重新排序系统发育距离矩阵，以便列按字母顺序排列。
这是一个简单的例子：
require("ape")
set.seed(5)
dist(cophenetic(rtree(5)))
有任何想法吗？
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像这样？
require("ape")
set.seed(5)
res <- dist(cophenetic(rtree(5)))
res <- as.matrix(res)
res <- as.dist(res[order(rownames(res)),order(colnames(res))])
于 2012-11-12T19:39:30.043 回答
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如果T <- dist(cophenetic(rtree(5)))
T 属于类dist，因此它没有名称，只有标签。
您可以订购它的标签
ordering <- sort(attr(T, "Labels"))
您可以将其强制转换为矩阵，然后对其进行排序
T.mat <- as.matrix(T)[ordering, ordering]
然后正如@Roland 建议的那样，将其转换回dist
T <- as.dist(T.mat)
如果您想控制矩阵的格式，可以使用以下
T.fm <- format(T.mat, digits=3, nsmall=3)
T.fm[row(T.fm) < col(T.fm)] <- ""
print(T.fm, quote=F)
# t1 t2 t3 t4 t5
# t1 0.000
# t2 3.436 0.000
# t3 1.309 3.632 0.000
# t4 2.145 2.338 2.530 0.000
# t5 1.756 2.783 2.173 1.136 0.000
T <- as.dist(T.fm)
T
# t1 t2 t3 t4
# t2 3.436
# t3 1.309 3.632
# t4 2.145 2.338 2.530
# t5 1.756 2.783 2.173 1.136
于 2012-11-12T19:50:26.310 回答