r - 写入制表符分隔的文件或 csv 文件

Question

我有一个 RMA 规范化数据（来自 CEL 文件）并且想将它写入一个可以在 excel 中打开但有一些问题的文件。

library(affy)
cel <- ReadAffy()
pre<-rma(cel)
write.table(pre, file="norm.txt", sep="\t")
write.table(pre, file="norma.txt")

输出在使用上述命令编写的文本文件中按行排列，因此当导出到 excel 时，格式错误，并且由于最大行数用完，许多信息被截断。输出看起来以下方式：

GSM 133971.CEL 5.85302 3.54678 6.57648 9.45634
GSM 133972.CEL 4.65784 3.64578 3.54213 7.89566
GSM 133973.CEL 6.78543 3.54623 2.54345 7.89767

如何以正确的格式将其从 R 中的 CEL 文件写入记事本或 excel？

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您需要使用该exprs函数从标准化探针中提取值。就像是：

write.csv(exprs(pre), file="output.csv", row.names=FALSE)

应该做的伎俩。

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我不完全清楚问题是什么，“正确格式”是什么意思？Excel 将难以处理巨大的表格，并且在 R 中使用 Bioconductor 进行分析可能是一种更好的方法，然后您可以将较小的结果或汇总表导出到 Excel。

不过，如果您希望按列写入文件，您可以尝试：

write.csv(t(pre),file="norm.txt")

但是excel（至少曾经）允许比列多得多的行。

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