xml - 我有一个来自 BLAST 的 XML 输出文件，如何在 PDB 数据库中找到匹配项？

Question

我有一个爆炸输出 XML 文件，我想找到一种通过 RSCB 蛋白质数据库运行文件内容的方法，以便在我的输出文件和使用 Python 的 PDB 中的任何内容之间找到某种同源性。

我对所有这一切还是陌生的，并且很难开始这个。提前致谢！

Answer 1

你能提供一个你的 BLAST 输出的样本吗？

你已经看过这个页面了吗？

http://www.rcsb.org/pdb/software/static.do?p=/software/webservices/search_nmr.jsp

它应该可以帮助您开始使用他们的 API。