r - 如何删除稀疏矩阵中所有元素为零的列？

Question

例如， M 是一个稀疏矩阵，track_list 是矩阵的列名。

library(Matrix)
M <- Matrix(0,nrow = 3,ncol = 4)
M[1,2] = 1
M[2,3] = 1
M[3,2] = 1 
track_list = c('a','b','c','d')
colnames(M) = track_list

col_tmp <- M@p[-1] - M@p[-length(M@p)]
M <- M[,col_tmp!=0]
track_list = track_list[col_tmp!=0]

结果将是：

> M
3 x 2 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
     b c
[1,] 1 .
[2,] . 1
[3,] 1 .

但是，设计很丑。那么该怎么做呢？

谢谢你 。

Answer 1

summary()使用获取sparseSummary包含非零条目的列的索引可能是最直接的。

library(Matrix)
M <- Matrix(c(0,0,0,1,0,0,0,1,1,1,0,0), nc=4)
M[,unique(summary(M)$j)]
# 3 x 3 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#           
# [1,] 1 . 1
# [2,] . 1 .
# [3,] . 1 .

## To see how it works, compare M and summary(M)
M 
# 3 x 4 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#             
# [1,] . 1 . 1
# [2,] . . 1 .
# [3,] . . 1 .

summary(M)
# 3 x 4 sparse Matrix of class "dgCMatrix", with 4 entries 
#   i j x
# 1 1 2 1
# 2 2 3 1
# 3 3 3 1
# 4 1 4 1

Answer 2

尝试这个 ：

M <- matrix(0,nrow = 3,ncol = 4)
M[1,2] = M[2,3] = M[3,2] = 1
M = M[,colSums(M != 0) != 0]

如果您有兴趣使用Matrix包，您可以完全按照上述方式进行 - 只需matrix(...)更改Matrix(...). 这些点是零值，不要担心它们：

M = Matrix(0,nrow = 3,ncol = 4)
M
# 3 x 4 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
# [1,] . . . .
# [2,] . . . .
# [3,] . . . .

M[1,1]
# [1] 0

Matrix实际上，该包似乎对稀疏矩阵（一些非零元素的矩阵）进行了优化。因此，它按点显示零，以更好地表示矩阵的稀疏程度。