database - 使 Blast 搜索花费更长的时间

Question

我指的是这个链接：http ://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK52637/ ，尝试在单机上进行爆炸搜索。我从 NCBI 网站下载了 blast 应用程序和 refseq_rna blast 数据库。爆炸搜索只需几秒钟即可获得结果。我想问是否有任何方法可以使爆炸搜索花费更多时间来搜索爆炸数据库上的匹配序列？

Answer 1

BLAST 是一种启发式算法，它的设计速度非常快。NCBI 接口上的一些结果也是预先计算的。为什么您希望此过程花费更长的时间我无法想象，但是您可以尝试运行 Smith-Waterman 对齐算法，这将找到真正的最佳匹配，并且比大型数据库上的 BLAST 花费的时间要长得多。

Answer 2

也许你可以告诉我们你为什么要放慢速度！？

但是为了它的价值，使用 -W 选项减小字长。