r - 在 R 中排除空白和 NA

Question

可能重复：
R - 删除 data.frame 中带有 NA 的行

我有一个名为 sub.new 的数据框，其中包含多个列。我试图排除任何包含NA或blank space“ ”的单元格。
我尝试使用subset()，但它针对特定列有条件。无论如何要扫描整个数据框并创建一个没有单元格的子集NA或blank space？

在下面的示例中，只应保留第一行：

# ID               SNP             ILMN_Strand   Customer_Strand
ID1234              [A/G]          TOP           BOT
Non-Specific        NSB (Bgnd)     Green
Non-Polymorphic     NP (A)         Red
Non-Polymorphic     NP (T)         Purple
Non-Polymorphic     NP (C)         Green
Non-Polymorphic     NP (G)         Blue
Restoration         Restore        Green

有什么建议么？谢谢

Answer 1

一个好主意是在任何进一步分析之前将所有“”（空白单元格）设置为 NA。

如果您正在从文件中读取输入，则将所有 "" 转换为 NA 是一个不错的选择：

foo <- read.table(file="Your_file.txt", na.strings=c("", "NA"), sep="\t") # if your file is tab delimited

如果您已经加载了表格，则可以执行以下操作：

foo[foo==""] <- NA

然后只保留没有 NA 的行，您可以使用na.omit()：

foo <- na.omit(foo)

或者保留没有 NA 的列：

foo <- foo[, colSums(is.na(foo)) == 0] 

Answer 2

不确切知道您拥有什么样的数据集，所以我提供一般性答案。

x <- c(1,2,NA,3,4,5)
y <- c(1,2,3,NA,6,8)
my.data <- data.frame(x, y)
> my.data
   x  y
1  1  1
2  2  2
3 NA  3
4  3 NA
5  4  6
6  5  8
# Exclude rows with NA values
my.data[complete.cases(my.data),]
  x y
1 1 1
2 2 2
5 4 6
6 5 8