我对 R 比较陌生,目前正在尝试在一个包含 1000 个观测值和 24 个变量的小型数据集上运行 SIMPROF 分析(clustsig 包)。大约 30 次迭代后,我收到以下错误:
错误:无法分配大小为 1.3 Mb 的向量。另外:有 39 个警告(使用 warnings() 来查看)
所有额外的警告都与 R 达到 8183Mb 的总分配有关
我用来运行分析的方法如下。
Data <- read.csv(file.choose(), header=T, colClasses="numeric")
Matrix <- function(Data) vegan::vegdist(Data, method="gower")
SimprofOutput <- simprof(Data, num.expected=1000, num.simulated=999, method.cluster="average", method.distance=Matrix, alpha = 0.10, silent=FALSE, increment=100)
我想知道是否有其他人在运行 SIMPROF 分析时遇到问题,或者有任何想法如何阻止 R 用完 RAM。我正在运行 64 位 Win7 Enterprise 并在具有 8gb RAM 的机器上使用 R 2.15.1