python - 在 python 中读取 ascii vtk 文件并将其转换为 numpy 数组

Question

我有一个包含 UNSTRUCTURED POINTS 数据集的 vtk 文件。它内部有几个数据集（场、电流、密度）。

我想在 python 中加载这个文件并将每个数据集转换为 numpy 数组以使用 matplotlib 绘制它。这个怎么做？

Answer 1

如果没有您的文件示例，很难给出准确的答案。但是根据我对 vtk 文件的了解，它们可以在 4 行标题之后包含 ASCII 或二进制数据。

如果 vtk 中的数据是 ASCII，那么

np.loadtxt(filename, skiplines=4)

应该管用。同样，如果您有一堆不同的字段，您的文件结构可能会使这变得棘手。

如果数据是二进制的，你需要使用类似的东西

filename.read()
struct.unpack()

或者

np.fromfile() 

Answer 2

解决方案由VTK 包中的vtk_to_numpy函数给出。根据网格格式（结构化或非结构化），它与 Vtk 网格阅读器一起使用：在您的情况下， vtkXMLUnstructuredGridReader是一个不错的选择。

示例代码如下所示：

from vtk import *
from vtk.util.numpy_support import vtk_to_numpy

# load a vtk file as input
reader = vtk.vtkXMLUnstructuredGridReader()
reader.SetFileName("my_input_data.vtk")
reader.Update()

#The "Temperature" field is the third scalar in my vtk file
temperature_vtk_array = reader.GetOutput().GetPointData().GetArray(3)

#Get the coordinates of the nodes and their temperatures
nodes_nummpy_array = vtk_to_numpy(nodes_vtk_array)
temperature_numpy_array = vtk_to_numpy(temperature_vtk_array)

x,y,z= nodes_nummpy_array[:,0] , 
       nodes_nummpy_array[:,1] , 
       nodes_nummpy_array[:,2]


(...continue with matplotlib)

可以在此线程中找到带有 matplotib 绘图的更长版本：VTK to Maplotlib using Numpy