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我的动机是将 MPI 信息从 python 有效地传递给通过 ctypes 调用的 C 函数。我在 python 中使用 mpi4py 进行 MPI 绑定。我想通过一个用 C 编写并通过 python 中的 ctypes 调用的简单示例 MPI 代码来学习它。我已经详细说明了在下面运行时遇到的步骤和错误。

C 代码[ passMpi4Py.c ]

#include <stdio.h>
#include <mpi.h>

void sayhello(MPI_Comm comm)
{
  int size, rank;
  MPI_Comm_size(comm, &size);
  MPI_Comm_rank(comm, &rank);
  printf("Hello, World! "
         "I am process %d of %d.\n",
         rank, size);
}

我用gcc/openmpi-1.6编译了上面的c代码如下：

mpicc -shared -Wl,-soname,passMpi4Py -o passMpi4Py.so -fPIC passMpi4Py.c

Python 包装器[ passMpi4PyWrapper.py ]

import ctypes
from mpi4py import MPI
testlib = ctypes.CDLL('path-to-file/passMpi4Py/passMpi4Py.so')

testlib.sayhello(MPI.COMM_WORLD)

当我尝试使用运行上述代码时

mpirun -np 4 python passMpi4PyWrapper.py

我收到以下错误

Traceback (most recent call last):
Traceback (most recent call last):
  File "passMpi4PyWrapper.py", line 5, in <module>
Traceback (most recent call last):
  File "passMpi4PyWrapper.py", line 5, in <module>
  File "passMpi4PyWrapper.py", line 5, in <module>
Traceback (most recent call last):
    testlib.sayhello(MPI.COMM_WORLD)
ctypes.ArgumentError: argument 1: <type 'exceptions.TypeError'>: Don't know how to convert parameter 1
    testlib.sayhello(MPI.COMM_WORLD)
ctypes.ArgumentError: argument 1: <type 'exceptions.TypeError'>: Don't know how to convert parameter 1
    testlib.sayhello(MPI.COMM_WORLD)
ctypes.ArgumentError: argument 1: <type 'exceptions.TypeError'>: Don't know how to convert parameter 1
  File "passMpi4PyWrapper.py", line 5, in <module>
    testlib.sayhello(MPI.COMM_WORLD)
ctypes.ArgumentError: argument 1: <type 'exceptions.TypeError'>: Don't know how to convert parameter 1

更新：

在 C 程序 MPI 函数中使用 *MPI_COMM_WORLD* 而不是comm可以帮助我消除错误。但是我仍然想知道这是否是将 MPI 信息传递给 C 程序的最佳方法。

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1 回答 1

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您缺少将 Python 的 MPI.COMM_WORLD（它是 mpi4py 的 Comm 类的一个实例）映射到 MPI_COMM_WORLD（它是一个int句柄）的方法。这可以通过使用 SWIG 生成包装器来完成。mpi4py 教程与您的示例基本相同，但添加了 SWIG 接口文件。

如果您不想使用 SWIG，可以在 C 代码中执行转换。如果您查看 SWIG 示例正在导入的文件 mpi4py.i，您可以看到转换是使用PyMPIComm_Get. mpi4pysource 附带一个不使用 SWIG 的示例。

于 2012-09-18T05:47:12.457 回答