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什么是测试给定文件是否为有效 FASTA 的简单方法：

valid_example.fasta

>genename1 atgcgtcactgNNNNNactgat
>genename 2 ACACTTACAGGGCTAC

>genename3 ATCCaACTACGGCTGGACTTGCGGCAT

我尝试了以下方法，但如果至少有 1 个有效基因，而不是所有基因，它会给出匹配

grep -Pli "(>.+\n[atgcn]\n+)*" valid_example.fasta
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使用-v标志来反转匹配。然后检查是否有任何行匹配。

你可能想做

grep -qv [other options] [pattern] $file || echo $file matches
于 2012-09-08T01:09:18.910 回答
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正则表达式到核苷酸 fasta 格式：

>.+\n[acgtnACGTN\n]+
于 2017-04-28T11:41:41.963 回答