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我正在使用mothur的稀疏输出，它基本上为我提供了一个数据集，其中包含采样的序列数和多个样本中的唯一序列数。我想使用 ggplot2 来可视化这些数据，因此需要使用melt从 awide到long格式。

问题是由于melt. 这基本上说明

错误：在数据中找不到 id 变量：1、3、6、（...等等）

由于原始数据集的大小，在这里共享它是不切实际的，但是应该能够使用以下代码重新创建相同的问题：

a<-seq(0,300,3)
b<-runif(length(a))
c<-runif(length(a))
d<-as.data.frame(cbind(a,b,c))
d$a<-as.factor(d$a)
melt(d,d$a)

这给出了完全相同的错误：

错误：在数据中找不到 id 变量：0,3,6,9, (...)

我看不到我做错了什么。我在 ubuntu 服务器 12.04 上使用 R 2.15.1。函数reshape::melt和reshape2::melt结果都导致相同的错误。

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你应该使用：

melt(d, id.vars="a")
      a variable       value
1     0        b 0.019199459
2     3        b 0.693699677
3     6        b 0.937592641
4     9        b 0.299259963
5    12        b 0.485403439
...

在以下帮助下?melt.data.frame：


要融化的数据数据框

id 变量的id.vars
向量。可以是整数（变量位置）或字符串（变量名）如果为空，将使用所有非测量变量

因此，您的id.vars参数应该是名称的字符向量，例如“a”或数字向量，例如1。此向量的长度应等于您想要作为 id 的列数。

相反，您使用的因子包含的元素远多于数据中的列。

于 2012-09-07T14:39:30.207 回答