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我目前正在编写一个脚本，该脚本从 FTP 服务器下载一堆 .csv，然后将每个 .csv 作为自己的表放入 MySQL 数据库中。

我使用 RCurl 从 FTP 下载 .csv 文件，并将所有 .csv 文件放在我的工作目录中。为了从每个 .csv 中创建表，我使用了 RODBC 包中的 sqlSave 函数，其中表名与 .csv 相同。每当 .csv 名称少于 18 个字符时，这都可以正常工作，但是当它更大时，它会失败。“失败”是指 R 崩溃。为了追踪这个错误，我在 sqlSave 上调用了调试。

我发现至少有两个 sqlSave 调用的函数会导致 R 崩溃。第一个是 RODBC:::odbcTableExists，它是一个不可见的函数。这是该函数的代码：

 RODBC:::odbcTableExists
function (channel, tablename, abort = TRUE, forQuery = TRUE, 
    allowDot = attr(channel, "interpretDot")) 
{
    if (!odbcValidChannel(channel)) 
        stop("first argument is not an open RODBC channel")
    if (length(tablename) != 1) 
        stop(sQuote(tablename), " should be a name")
    tablename <- as.character(tablename)
    switch(attr(channel, "case"), nochange = {
    }, toupper = tablename <- toupper(tablename), tolower = tablename <- tolower(tablename))
    isExcel <- odbcGetInfo(channel)[1L] == "EXCEL"
    hasDot <- grepl(".", tablename, fixed = TRUE)
    if (allowDot && hasDot) {
        parts <- strsplit(tablename, ".", fixed = TRUE)[[1]]
        if (length(parts) > 2) 
            ans <- FALSE
        else {
            res <- if (attr(channel, "isMySQL")) 
                sqlTables(channel, catalog = parts[1], tableName = parts[2])
            else sqlTables(channel, schema = parts[1], tableName = parts[2])
            ans <- is.data.frame(res) && nrow(res) > 0
        }
    }
    else if (!isExcel) {
        res <- sqlTables(channel, tableName = tablename)
        ans <- is.data.frame(res) && nrow(res) > 0
    }
    else {
        res <- sqlTables(channel)
        tables <- stables <- if (is.data.frame(res)) 
            res[, 3]
        else ""
        if (isExcel) {
            tables <- sub("^'(.*)'$", "\\1", tables)
            tables <- unique(c(tables, sub("\\$$", "", tables)))
        }
        ans <- tablename %in% tables
    }
    if (abort && !ans) 
        stop(sQuote(tablename), ": table not found on channel")
    enc <- attr(channel, "encoding")
    if (nchar(enc)) 
        tablename <- iconv(tablename, to = enc)
    if (ans && isExcel) {
        dbname <- if (tablename %in% stables) 
            tablename
        else paste(tablename, "$", sep = "")
        if (forQuery) 
            paste("[", dbname, "]", sep = "")
        else dbname
    }
    else if (ans) {
        if (forQuery && !hasDot) 
            quoteTabNames(channel, tablename)
        else tablename
    }
    else character(0L)
}

当表名长度超过 18 个字符时，此处失败：

    res <- sqlTables(channel, tableName = tablename)

我已通过将其更改为：

    res <- sqlTables(channel, tablename)

然后，我使用 assignInNamepace 重新分配命名空间中具有相同名称 (odbcTableExists) 的函数，并更改此代码。

RODBC:::odbcTableExists 不再导致问题。但是，当从 sqlSave() 中调用 sqlwrite 时，R 仍然会崩溃。我在 sqlwrite 上调用了调试，我发现 RODBC:::odbcColumns （另一个不可见的函数）会导致表名太长时崩溃。不幸的是，我不确定如何更改 RODBC:::odbcColumns 以避免像以前那样出现错误。

我使用的是 R 2.15.1，平台是：x86_64-pc-ming32/x64（64 位）。我还应该注意，我正在尝试在工作计算机上运行它，但是如果我在个人计算机上运行完全相同的代码，R 不会崩溃（没有错误）。工作计算机运行 windows 7 专业版，我的家用计算机运行带有 R 2.14.1 的 windows 7 家庭高级版。

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1 回答 1

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我喜欢这个 hack（我也有 R 2.15.1 的 Windows 7 Professional 在工作），它不再崩溃，但是在我替换该行并使用 assignInNamespace 后它会导致另一个问题；也出于某种原因，我不得不用 RODBC:::odbcValidChannel 替换 odbcValidChannel 和用 RODBC:::quoteTabNames 替换 quoteTabNames

但是当我使用 sqlSave 时，出现以下错误：

odbcUpdate(channel, query, mydata, coldata[m, ], test = test, 中的错误：没有参数，所以没有什么要更新的

我什至没有在代码中的任何地方使用 odbcUpdate，而且 RODBC::: sqlSave 内部没有 odbcUpdate 调用。

有什么想法吗？

谢谢你，-亚历克斯

于 2012-09-21T21:58:01.683 回答