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我将以下 CDF 文件用于 Brachypodium dystachion 的 Affymetrix 芯片。显然，它遵循Affymetrix CDF 规范的所有规则

http://giorgilab.org/BradiGiorgiMutwil001_txt.cdf

但是，当我尝试使用 R 和 Bioconductor 包makecdfenv 从中创建 customcdf 环境时

库(makecdfenv) make.cdf.package("BradiGiorgiMutwil001_txt.cdf",species="Brachypodium_dystachion")

我收到以下错误：

读取 CDF 文件。

* 捕获 segfault *地址 0x1，导致“内存未映射”

Traceback: 1: .Call("readCDFfile", as.character(file), as.integer(3), as.integer(compress), PACKAGE = "makecdfenv") 2: read.cdffile(file.path(path. expand(cdf.path), 文件名), compress = compress) 3: make.cdf.env(filename, cdf.path = cdf.path, compress = compress, return.env.only = FALSE) 4: make.cdf.包（“BradiGiorgiMutwil001_txt.cdf”，物种=“Brachypodium_dystachion”）

输入 CDF 文件中有什么让您觉得错误的地方吗？我完全感到困惑，因为我不知道如何解释这个分段错误，也不知道如何将其追溯到特定问题。使用affxparser Bioconductor 包时会发生类似的情况，因此它一定是 CDF 字段（而不是包）的问题。

非常感谢！:-)

费德里科

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该函数make.cdf.package()仅适用于二进制 cdf。你需要转换你的 cdfaffxparser::convertCdf()然后你可以创建包。

于 2012-08-27T16:45:04.030 回答
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函数 make.cdf.package()不需要二进制 cdf，因此没有理由进行测试。

我昨天看了这个，这个 cdf 没有任何明显的问题，所以很高兴简单地转换为二进制修复问题。

于 2012-08-28T18:52:13.817 回答