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我使用以下 R 代码生成带有基于 TraMineR 序列的标签的树状图（见附图）：

library(TraMineR)
library(cluster)
clusterward <- agnes(twitter.om, diss = TRUE, method = "ward")
plot(clusterward, which.plots = 2, labels=colnames(twitter_sequences))

完整的代码（包括数据集）可以在这里找到。

与树状图以图形方式提供的信息一样，以文本和/或表格格式获取相同的信息会很方便。如果我调用对象 clusterward（由 agnes 创建）的任何方面，例如“order”或“merge”，我会使用数字而不是我从中获得的名称来标记所有内容colnames(twitter_sequences)。另外，我看不到如何输出在树状图中以图形方式表示的分组。

总结一下：如何获得文本/表格格式的集群输出，并使用 R 正确显示标签，理想情况下是使用 Traminer/集群库？

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问题与cluster包裹有关。agnes.object返回的帮助页面agnes （参见http://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/cluster/html/agnes.object.html）指出该对象包含一个order.lab组件“类似于order，但包含观察标签而不是观察编号。此组件仅在原始观察被标记时可用。

TraMineR 生成的相异矩阵（twitter.om在您的情况下）当前不将序列标签保留为行和列名称。要获得order.lab组件，您必须手动将序列标签分配为矩阵的rownames和。我在这里用TraMineR 包提供的数据进行说明。colnamestwitter.ommvad

library(TraMineR)
data(mvad)
## attaching row labels 
rownames(mvad) <- paste("seq",rownames(mvad),sep="")
mvad.seq <- seqdef(mvad[17:86]) 
## computing the dissimilarity matrix
dist.om <- seqdist(mvad.seq, method = "OM", indel = 1, sm = "TRATE")
## assigning row and column labels 
rownames(dist.om) <- rownames(mvad) 
colnames(dist.om) <- rownames(mvad) 
dist.om[1:6,1:6]

## Hierarchical cluster with agnes library(cluster) 
cward <- agnes(dist.om, diss = TRUE, method = "ward")

## here we can see that cward has an order.lab component 
attributes(cward)

那是为了获得order序列标签而不是数字。但是现在我不清楚您想要文本/表格形式的哪个集群结果。从树状图中，您决定要在哪里剪切它，即您想要的组数并用 剪切树状图cutree，例如cl.4 <- cutree(clusterward1, k = 4)。结果cl.4是一个向量，其中包含每个序列的集群成员资格，并且您将获得组 1 的成员列表，例如rownames(mvad.seq)[cl.4==1].

或者，您可以使用identify方法（请参阅?identify.hclust）从图中以交互方式选择组，但需要将参数作为 传递 as.hclust(cward)。这是示例的代码

## plot the dendrogram
plot(cward, which.plot = 2, labels=FALSE)

## and select the groups manually from the plot
x <- identify(as.hclust(cward)) ## Terminate with second mouse button

## number of groups selected
length(x)
## list of members of the first group
x[[1]]

希望这可以帮助。

于 2012-08-14T13:10:59.850 回答