r - 二因素条形图

Question

从以下数据框工作：

    > foo
        species density day percent  
    1  species1    high   1    0.40  
    2  species1     low   1    0.20  
    3  species1  medium   1    0.40  
    4  species2    high   1    0.35  
    5  species2     low   1    0.10  
    6  species2  medium   1    0.55  
    7  species3    high   1    0.35  
    8  species3     low   1    0.20  
    9  species3  medium   1    0.45  
    10 species4    high   1    0.30  
    11 species4     low   1    0.20  
    12 species4  medium   1    0.50  
    13 species1    high 100    0.50  
    14 species1     low 100    0.40  
    15 species1  medium 100    0.10  
    16 species2    high 100    0.40  
    17 species2     low 100    0.05  
    18 species2  medium 100    0.55  
    19 species3    high 100    0.65  
    20 species3     low 100    0.05  
    21 species3  medium 100    0.30  
    22 species4    high 100    0.40  
    23 species4     low 100    0.20  
    24 species4  medium 100    0.40  

我创建了以下多面条形图：

require(ggplot2)

foo$density<-factor(foo$density,levels=c('low','medium','high'))

d <- ggplot(foo, aes(x=species, y=percent, fill=density)) +
    geom_bar(aes(width=.65), stat="identity") +
    facet_grid(. ~ day)

但是，我想合并这些图表以创建单个双因素条形图。在 x 轴上，每一天（第 1 天和第 100 天）将按物种分组。关于如何创建它的任何建议？

非常感谢！

Answer 1

试试这个

foo$species_day <- with(data = foo, expr = paste(species, day))
d <-ggplot(foo, aes(x=species_day, y=percent, fill=density)) +
      geom_bar(aes(width=.65), stat="identity")

如果需要，您可以重新排列级别。

Answer 2

这是将@Joran 的建议与您的要求结合在一起的另一种方法。

我已更改day为一个因子，但还将默认 x 轴标签更改为“物种”。此外，因为density显然是一个顺序因素，我使用了来自 Color Brewer ( http://colorbrewer2.org/ ) 的顺序色标。palette您可以通过更改数字或按名称调用调色板来试验色阶 scale_fill_brewer(palette="GnBu")。在 Color Brewer 网页上查找调色板名称。

foo <- read.table(header=TRUE,
                 text="species  density day percent  
                    1  species1    high   1    0.40  
                    2  species1     low   1    0.20  
                    3  species1  medium   1    0.40  
                    4  species2    high   1    0.35  
                    5  species2     low   1    0.10  
                    6  species2  medium   1    0.55  
                    7  species3    high   1    0.35  
                    8  species3     low   1    0.20  
                    9  species3  medium   1    0.45  
                    10 species4    high   1    0.30  
                    11 species4     low   1    0.20  
                    12 species4  medium   1    0.50  
                    13 species1    high 100    0.50  
                    14 species1     low 100    0.40  
                    15 species1  medium 100    0.10  
                    16 species2    high 100    0.40  
                    17 species2     low 100    0.05  
                    18 species2  medium 100    0.55  
                    19 species3    high 100    0.65  
                    20 species3     low 100    0.05  
                    21 species3  medium 100    0.30  
                    22 species4    high 100    0.40  
                    23 species4     low 100    0.20  
                    24 species4  medium 100    0.40")

foo$density <- factor(foo$density, levels=c("low", "medium", "high"))
foo$day <- factor(paste("Day", foo$day, sep="_"))

library(ggplot2)

d2 <- ggplot(foo, aes(x=day, y=percent, fill=density)) +
      theme_bw() +
      geom_bar(width=0.95, stat="identity") +
      scale_fill_brewer(type="seq", palette=15) +
      xlab("Species") +
      opts(axis.text.x=theme_text(size=6)) +
      facet_grid(. ~ species)

ggsave("barplot_1.png", d2, width=6, height=4)

我没有解决的一个问题是水平density没有按正确的顺序堆叠（对我来说或在@MYaseen208 的答案中）。原始帖子中的堆叠是正确的。有谁知道问题是什么？