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我的包中的一个功能在构建时拒绝添加到包源中，然后在运行 R CMD 检查时失败。

我的包位于 github here上。该文件，calculate_latitude_and_longitude.R，当然存在于 R 目录中：

$ ls R  
calculate_latitude_and_longitude.R clean_coordinates_XBLOCK.R  clean_crime_data.R
load_crime_data_by_ward.R clean_coordinates.R
clean_coordinates_YBLOCK.R dccrimedata-package.R

我能够构建包，但由于某种原因，构建不包含文件 calculate_latitude_and_longitude.R。我可以通过浏览 tar 球中的 R 目录来验证它是否跳过了这个文件。

安装或运行时，R CMD check dccrimedata_0.1.tar.gz我在 00install.log 文件中收到以下错误：

Error in .install_package_code_files(".", instdir) :
files in 'Collate' field missing from '/Users/erikshilts/workspace/dc_crime_data/dccrimedata.Rcheck/00_pkg_src/dccrimedata/R':
  calculate_latitude_and_longitude.R
ERROR: unable to collate and parse R files for package ‘dccrimedata’

我已经尝试重命名函数、创建新文件、注释行、删除 roxygen 标签等，但这些都没有帮助将该函数放入包中。

知道出了什么问题吗？

该函数的完整代码在这里：

#' Calculate Latitude and Longitude
#'
#' Calculates latitude and longitude from XBLOCK AND YBLOCK coordinates.
#' The coordinates are given in the NAD 83 projection, Maryland state plane,
#' with units in meters. Documentation for this calculation can be found in the
#' README file.
#'
#' @param crime_data data.frame of crime records
#' @return data.frame with two additional columns, latitude and longitude, with units in the standard GPS format
#' @export
calculate_latitude_and_longitude <- function(crime_data) {
  xy_coords <- crime_data[, c('XBLOCK', 'YBLOCK')]

  coordinates(xy_coords) <- c('XBLOCK', 'YBLOCK')

  # NAD83, maryland state plane, units in meters
  proj4string(xy_coords) <- CRS("+init=esri:102285")
  # Transform to latitude and longitude for GPS
  xy_coords <- spTransform(xy_coords, CRS("+init=epsg:4326"))

  xy_coords <- as.data.frame(xy_coords)
  names(xy_coords) <- c('longitude', 'latitude')

  crime_data <- cbind(crime_data, xy_coords)

  crime_data
}

我的说明文件如下所示：

Package: dccrimedata
Title: An R package containing DC crime data.
Description: Crime data from DC from 2006 to mid-2012
Version: 0.1
License: GPL-3
Author: erik.shilts
Maintainer: <erik.shilts@opower.com>
Depends:
    rgdal,sp
Collate:
    'calculate_latitude_and_longitude.R'
    'clean_coordinates_XBLOCK.R'
    'clean_coordinates_YBLOCK.R'
    'clean_coordinates.R'
    'clean_crime_data.R'
    'load_crime_data_by_ward.R'
    'dccrimedata-package.R'

更新：

我将更改隔离到名称中带有“经度”的任何文件（“纬度”工作正常）。我在这个 repo 中的 .Rbuildignore 文件如下所示：

.git
.Rhistory
.Rcheck
\.tar\.gz$
out

您会注意到我没有转义 中的句.git点，这导致它忽略其中包含“Xgit”的任何文件（X 是任何字符），从而导致它忽略我的文件“calculate_latitude_and_lon* git *ude.R”

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1 回答 1

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.Rbuildignore 文件错误地转义了.git. 这是 .Rbuildignore 文件：

.git
.Rhistory
.Rcheck
\.tar\.gz$
out

由于单词中间的“git”，错误地转义的句.git点导致它忽略以单词“longitude”命名的文件。

.Rbuildignore 文件应如下所示：

\.git
\.Rhistory
\.Rcheck
\.tar\.gz$
out

正则表达式的乐趣！

于 2012-08-05T18:12:02.813 回答