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我试图运行一个修改环境（hgu133plus2cdf）的 Bioconductor 包（truncateCDF），以从 affymetrix 芯片中删除不需要的探针组。一切都很顺利，直到我收到以下消息（翻译自法语）：

>   assign(cdfname, cdf.env, env=CDF.env)
Error in assign(cdfname, cdf.env, env = CDF.env) : 
  impossible to change the value of a locked link for 'hgu133plus2cdf'

assign函数是代码的终极功能，将环境数据集CDF.env所做的更改保存到原始环境（hgu133plus2cdf）中，然后用于分析affymetrix芯片结果；所以，这是必不可少的。

我的问题：这个指向 hgu133plus2cdf 环境的锁定链接是什么，我该如何绕过它。

这个包的作者在 2005 年左右成功运行了它的包；所以我想这是从那时起在 R 中引入的一个特性（可能与 Bioconductor 无关，因为 assign 是一个基本的 R 函数，所以我在这个论坛而不是 Biostar 上问这个问题）。

我试图阅读文档，但在涉及环境时我不知所措。

提前感谢您的帮助。

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我不认为 truncateCDF 来自 Bioconductor 包。它至少不是当前的。这听起来像这篇文章和接下来的两篇来自 Bioconductor 邮件列表的同一线程。这是 R 中变化的结果——包现在具有不易修改的名称空间，这些名称空间是通过锁定定义名称空间符号的环境来实现的。去除探针不是典型微阵列工作流程的重要部分。如果您需要更多帮助，请在Bioconductor 邮件列表中询问（无需订阅）。

于 2012-07-20T11:58:40.797 回答