我正在尝试通过执行以下操作通过 R 提示安装包:
install.packages('RMySQL')
但输出如下:
--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---
没有别的!我找不到这个非常基本的问题的解决方案。为了选择 CRAN 镜像,我应该输入什么?
编辑:
操作系统:Mac-OS X 10.6.8 R 版本:2.15.0
我正在尝试通过执行以下操作通过 R 提示安装包:
install.packages('RMySQL')
但输出如下:
--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---
没有别的!我找不到这个非常基本的问题的解决方案。为了选择 CRAN 镜像,我应该输入什么?
编辑:
操作系统:Mac-OS X 10.6.8 R 版本:2.15.0
您应该得到一个带有存储库列表的窗口或一个带有一些选项的文本菜单。但如果没有出现,您始终可以使用repos
参数指定从哪里下载包的镜像。通过这样做,R 将不再询问您有关存储库的信息。例子:
install.packages('RMySQL', repos='http://cran.us.r-project.org')
这里有R的镜像列表。
这是我所做的,基本上直接来自example(Startup)
页面:
## Default repo
local({r <- getOption("repos")
r["CRAN"] <- "http://cran.r-project.org"
options(repos=r)
})
这是在~/.Rprofile
。
编辑:现在是 2018 年,我们可以补充一点,在过去几年中,该 URL"https://cloud.r-project.org"
更受欢迎,因为它反映了 a)https 访问和 b)“始终靠近你”的 CDN。
我是:
chooseCRANmirror()
它将在输出中打印镜像列表(无需担心弹出窗口,因为您是从终端运行它),然后输入您想要的数字。
我使用 Dirk 建议的 ~/.Rprofile 解决方案,但我只想指出
chooseCRANmirror(graphics=FALSE)
似乎是明智的做法,而不是
chooseCRANmirror(81)
,这可能有效,但涉及到神奇的数字 81(或者这可能是将旅游业推广到 81 = 英国(布里斯托尔):-) 的微妙方式)
存储库选择屏幕无法在您的系统 (OS X) 上显示,因为 OS X 不再包含 X11。R 尝试通过 X11 向您显示提示。从http://xquartz.macosforge.org/landing/安装 X11 。然后运行安装命令。将显示 repo 选择提示。
我用了
chooseCRANmirror(81)
它会提示您选择国家/地区。然后您可以通过键入那里指定的国家/地区镜像代码来进行选择。
如果您需要以非交互方式设置镜像(例如在部署脚本中安装 rbundler),您可以通过以下方式进行:
首先手动运行:
chooseCRANmirror()
选择最适合您的镜像号码并记住它。然后自动选择:
R -e 'chooseCRANmirror(graphics=FALSE, ind=87);library(rbundler);bundle()'
其中 87 是您要使用的镜像编号。此代码段还为您安装了 rbundle。如果你愿意,你可以省略它。
无论您是在终端中使用 R 还是使用 RStudio 等 IDE,都会弹出一个下拉菜单供您选择(或者您将获得一堆可供选择的数字)。这在 Windows、Mac OS 和大多数 Linux 系统上受支持。但是,它可能需要额外的配置或依赖项,例如 X-windows。
要在使用远程访问时启用 X-windows,请使用以下-XY
标志:
ssh -XY username@server.domain
通常有一个默认 repo,但如果您有任何问题,例如运行脚本或 Rmarkdown/knitr,可以指定它。repo
每次安装时,您都可以使用opset 镜像或 CRAN 存储库:
install.packages("package", repo="<your.nearest.mirror>")
建议使用离您最近的镜像以加快下载速度。例如:
install.packages("RMySQL", repos="https://cran.stat.auckland.ac.nz/")
您还可以repos
在会话中设置该选项,这样每个交互式会话(或脚本)只需设置一次。您可以检查是否repos
配置有:
options(repos)
如果你得到"Error in options(repos) : object 'repos' not found"
了,那么你可以设置存储库选项。例如:
options(repos = "https://cran.stat.auckland.ac.nz/")
然后它应该像往常一样安装软件包。例如:
install.packages("RMySQL")
正如其他人所提到的,您可以在.Rprofile
文件中配置存储库,并在所有脚本中进行这项工作。您是喜欢系统上的这些“全局”选项还是会话或脚本中的“本地”选项取决于您。这些“本地”选项需要更多时间来使用每个会话,但如果其他人没有您的.Rprofile
.
您还可以通过运行它或将其放置在您的 Rprofile 中来禁用所有图形菜单
options(menu.graphics = FALSE)
在 macOS 上,我有你所说的确切内容:“请选择”提示,然后仅此而已。
在我打开(并更新;不知道这是否相关)X-Quartz,然后重新启动 R 并再次尝试后,几秒钟后我得到了一个 X-window 镜像列表可供选择。从第三次开始,速度更快了。
添加到~/.Rprofile
local({r <- getOption("repos")
r["CRAN"] <- "mirror_site" #for example, https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/
options(repos=r)
options(BioC_mirror="bioc_mirror_site") #if using biocLite
})