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我正在弄清楚如何使用我的大学集群。它安装了 2 个版本的 R。系统范围的 R 2.11 (Debian 6.0) 和 R 2.14.2 在非标准位置。

我正在尝试将 MPI 与雪一起使用。我试图运行的代码如下

library(snow)
library(Rmpi)
cl <- makeMPIcluster(mpi.universe.size()-1)
stopCluster(cl)
mpi.quit()

它在 R 2.11 上没有问题。（我用 启动脚本mpirun -H localhost,n1,n2,n3,n4 -n 1 R --slave -f code.R）。现在，当我尝试使用 R 2.14.2 执行此操作时，我收到以下消息：

Error: This is R 2.11.1, package 'snow' needs >= 2.12.1
In addition: Warning message:

所以看起来 R 加载了为 R 2.11 编译的包雪版本。我已将 R 2.14 下的 snow 安装到我的主文件夹中，并将以下几行添加到我的代码中：

.libPaths("/soft/R/lib/R/library")
.libPaths("~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.11")
print(.libPaths())
print(sessionInfo())
print(version)

并且错误之前的输出确认我确实在运行 R 2.14.2 并且我的 R 包文件夹在搜索路径中是第一个。但我仍然得到错误。

所以我的问题是如何确定 R 中加载了哪个版本的包？我可以看到 installed.packages所有已安装的软件包，所以也许有一些函数列出了已加载软件包的类似信息？

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13 回答 13

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你可以用它sessionInfo()来实现。

> sessionInfo()
R version 2.15.0 (2012-03-30)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C               LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8    LC_PAPER=C                 LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C             LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] graphics  grDevices utils     datasets  stats     grid      methods   base     

other attached packages:
[1] ggplot2_0.9.0  reshape2_1.2.1 plyr_1.7.1    

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] colorspace_1.1-1   dichromat_1.2-4    digest_0.5.2       MASS_7.3-18        memoise_0.1        munsell_0.3       
 [7] proto_0.3-9.2      RColorBrewer_1.0-5 scales_0.2.0       stringr_0.6       
>

但是，根据评论和下面的答案，有更好的选择

> packageVersion("snow")

[1] '0.3.9'</p>

或者：

"Rmpi" %in% loadedNamespaces()
于 2012-06-19T14:31:47.137 回答
320

您可以使用utils::packageVersion查看安装了哪个版本的软件包：

> packageVersion("snow")
[1] ‘0.3.9’

注意

DESCRIPTION除非包含包含有效Version字段的文件，否则不会“找到”包。当没有找到包目录和有合适的目录但没有有效DESCRIPTION文件时会给出不同的警告。

尽管听起来您想查看正在运行的 R 版本，但在这种情况下，@Justin 的sessionInfo建议是可行的方法。

于 2012-06-19T14:36:34.357 回答
34

从技术上讲，此时所有的答案都是错误的。packageVersion不返回加载包的版本。它进入磁盘，并从那里获取包版本。

在大多数情况下，这不会产生影响，但有时会。据我所知，获取加载包版本的唯一方法是相当 hackish：

asNamespace(pkg)$`.__NAMESPACE__.`$spec[["version"]]

pkg包名称在哪里。

编辑：我不确定何时添加此功能，但您也可以使用getNamespaceVersion，这更清洁：

getNamespaceVersion(pkg)
于 2016-05-22T00:07:35.793 回答
25

要检查 R 的版本，请执行：R --version

或者在你进入 R shell 之后打印version$version.string

编辑

要检查已安装软件包的版本，请执行以下操作。

加载库后，可以执行sessionInfo ()

但是要知道所有已安装软件包的列表：

packinfo <- installed.packages(fields = c("Package", "Version"))
packinfo[,c("Package", "Version")]

或者要提取特定的库版本，一旦您使用上述installed.package函数提取了信息，只需在矩阵的第一维中使用包的名称。

packinfo["RANN",c("Package", "Version")]
packinfo["graphics",c("Package", "Version")]

以上将打印RANN库和图形库的版本。

于 2012-06-19T14:32:09.583 回答
22

你可以尝试这样的事情：

  1. package_version(R.version)

  2. getRversion()

于 2012-09-23T02:22:49.407 回答
14

图形界面解决方案：

如果您使用的是 RStudio，则可以在Packages窗格中检查包版本。

在此处输入图像描述

于 2016-10-17T13:25:08.813 回答
7

使用 R 方法packageDescription获取已安装的包描述，对于版本，只需使用$Version：

packageDescription("AppliedPredictiveModeling")$Version
[1] "1.1-6"
于 2016-05-14T05:04:44.163 回答
5

根据前面的答案，这里是打印 R 版本的简单替代方法，后跟命名空间中加载的每个包的名称和版本。它适用于 Jupyter 笔记本，我在其中运行时遇到问题，sessionInfo()并且R --version.

print(paste("R", getRversion()))
print("-------------")
for (package_name in sort(loadedNamespaces())) {
    print(paste(package_name, packageVersion(package_name)))
}

出去：

[1] "R 3.2.2"
[1] "-------------"
[1] "AnnotationDbi 1.32.2"
[1] "Biobase 2.30.0"
[1] "BiocGenerics 0.16.1"
[1] "BiocParallel 1.4.3"
[1] "DBI 0.3.1"
[1] "DESeq2 1.10.0"
[1] "Formula 1.2.1"
[1] "GenomeInfoDb 1.6.1"
[1] "GenomicRanges 1.22.3"
[1] "Hmisc 3.17.0"
[1] "IRanges 2.4.6"
[1] "IRdisplay 0.3"
[1] "IRkernel 0.5"
于 2016-02-24T16:49:23.397 回答
4

老问题，但不是答案之一是我最喜欢的命令来快速和简短地了解所有加载的包：

(.packages())

要查看所有已加载包的安装版本，只需使用上述命令来设置子集installed.packages()。

installed.packages()[(.packages()),3]

通过更改列号（包版本为 3），您可以获得存储在installed.packages()易于阅读的矩阵中的任何其他信息。以下是版本号和依赖关系的示例：

installed.packages()[(.packages()),c(3,5)]
于 2019-10-04T12:12:25.070 回答
1

使用以下代码获取系统中安装的R包的版本：

installed.packages(fields = c ("Package", "Version"))
于 2015-09-24T08:07:42.083 回答
1

Search() 可以给出会话中附加包的更简化列表（即，没有 sessionInfo() 给出的详细信息）

search {base}- R 文档
描述：给出附加包的列表。搜索（）

search()
#[1] ".GlobalEnv"        "package:Rfacebook" "package:httpuv"   
#"package:rjson"    
#[5] "package:httr"      "package:bindrcpp"  "package:forcats"   # 
#"package:stringr"  
#[9] "package:dplyr"     "package:purrr"     "package:readr"     
#"package:tidyr"    
#[13] "package:tibble"    "package:ggplot2"   "package:tidyverse" 
#"tools:rstudio"    
#[17] "package:stats"     "package:graphics"  "package:grDevices" 
#"package:utils"    
#[21] "package:datasets"  "package:methods"   "Autoloads"         
#"package:base"
于 2018-01-13T17:15:32.460 回答
1

只需使用help(package="my_package")并查看显示的版本。

这假设在同一.libPaths.

于 2019-04-03T02:10:57.183 回答
0

要添加@GSee 的答案，请注意返回的值utils::packageVersion()不是 acharacter并且您可以完美地使用它来编写条件：

packageVersion("dplyr")
#> [1] '1.0.7'
packageVersion("dplyr")>1
#> [1] TRUE
packageVersion("dplyr")>'1.0'
#> [1] TRUE
packageVersion("dplyr")>'1.1'
#> [1] FALSE

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