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我正在使用来自 Bioinformatics Toolbox（版本 3.7）的CLUSTERGRAM对象。MATLAB 版本 R2011a。

我想为clustergram获取行和列的排列向量，就像我可以使用树状图函数一样：

x = magic(10);
>> [~,~,permrows] = dendrogram(linkage(x,'average','euc'))
permrows =
     9    10     6     7     8     1     2     4     5     3
>> [~,~,permcols] = dendrogram(linkage(x','average','euc'))
permcols =
     6     7     8     9     2     1     3     4     5    10

我发现 clustergram 和 dendrogram 的聚类不一样，很可能是由于优化的叶子排序计算（我不想禁用它）。

例如，对于来自的 clustergram：

clustergram(x)

（'average'并且'eucledian'是 clustergram 的默认方法）

向量（如附图所示）应为：

permrows = [1 2 4 5 3 10 9 6 7 8];
permcols = [1 2 8 9 6 7 10 5 4 3];

簇图示例

那么，如何以编程方式获取这些向量呢？有熟悉这个物体的吗？

有人可以提出一个好的选择吗？我知道我可以创建一个结合 imagesc 和 dendrogram 函数的类似图形，但是在 clustergram 中的叶子排序比在 dendrogram 中要好得多（最佳）。

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通过查看文档，我猜想get(gco,'ColumnLabels')和get(gco,'RowLabels')，gcoclustergram 对象在哪里，应该给你重新排序的标签。请注意，相应的set-methods 以原始顺序接收标签并在内部重新排序它们。

因此，如果您使用了自定义标签 ( set(gco,'RowLabels',originalLabels))

[~,permrows] = ismember(get(gco,'RowLabels'),originalLabels)

应该返回行排列。

于 2012-06-14T16:40:17.273 回答