r - 在 R 中迭代地自动比较一个对象项与其余对象项

Question

所以我创建了一个包含 12 个二进制文件的对象。作为我想做的分析的一部分，我将 12 个中的一个与其他 11 个进行比较，使用函数进行一些分析。

IE

在循环一中，object$1 与 object$1 比较 2:12，

循环二，object$2 对 object$ 1,3:12

...

循环 12，object$12 对 object$1[1:11]

我可以通过指定文件名手动进行小规模的操作。但是因为它涉及到将所有 12 个文件相互比较，并且我有很多组 12 个文件（总共 250 个文件）可以正常工作，我如何自动化呢？

最终输出是一个数据框，所以我希望在每个循环中也创建它（使用相关的文件名，如 object$1.csv 或其他东西）。

firstbatch <-bams[1:12] #bams is character vector of the files
bedfile <- "filename.bed"
my.counts <- getBamCounts(bed.file = bedfile, bam.files = firstbatch) #creates object
my.test <- firstbatch$1
my.ref.samples <- firstbatch$2...firstbatch$12
series of functions comparing $1 against 2:12

Answer 1

也许你冷使用这个程序：

a <- combn(12,2)   # will give you all possible combinations 

for (i in 1:dim(a)[2]) {      #loops over all possible combinations

firstbatch[ a [1,i]]    # first sample name to compare
firstbatch[ a [2,i]]    # second sample name to compare against
...
}