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我正在尝试使用 Biopython 的 NcbiblastxCommandline 工具使用“nr”数据库在本地运行 blastx，但我总是收到有关蛋白质数据库搜索路径的以下错误：

>>> from Bio.Blast.Applications import NcbiblastxCommandline
>>> nr = "/Users/Priya/Documents/Python/ncbi-blast-2.2.26+/bin/nr.pal"
>>> infile = "/Users/Priya/Documents/Python/Tutorials/opuntia.txt"
>>> blastx = "/Users/Priya/Documents/Python/ncbi-blast-2.2.26+/bin/blastx"
>>> outfile = "/Users/Priya/Documents/Python/Tutorials/opuntia_python_local.xml"
>>> blastx_cline = NcbiblastxCommandline(blastx, query = infile, db = nr, evalue = 0.001, out = outfile)
>>> stdout, stderr = blastx_cline()
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File     "/opt/local/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/Bio/Application/__init__.py", line 443, in __call__
stdout_str, stderr_str)
Bio.Application.ApplicationError: Command '/Users/Priya/Documents/Python/ncbi-blast-2.2.26+/bin/blastx -out /Users/Priya/Documents/Python/Tutorials/opuntia_python_local.xml -query /Users/Priya/Documents/Python/Tutorials/opuntia.txt -db /Users/Priya/Documents/Python/ncbi-blast-2.2.26+/bin/nr.pal -evalue 0.001' returned non-zero exit status 2, 'BLAST Database error: No alias or index file found for protein database [/Users/Priya/Documents/Python/ncbi-blast-2.2.26+/bin/nr.pal] in search path [/Users/Priya::]'

我不确定如何更改路径以指向我下载的 nr 数据库，但我认为我正确地指出了它，因为我可以从命令行运行此代码而没有任何问题：

Priyas-iMac:~ Priya$ /Users/priya/Documents/Python/ncbi-blast-2.2.26+/bin/blastx -query /Users/priya/Documents/Python/Tutorials/opuntia.txt -db /Users/priya/Documents/Python/ncbi-blast-2.2.26+/bin/nr -out /Users/priya/Documents/Python/Tutorials/opuntia_local.xml -evalue 0.001 -outfmt 5

如我所料，上面的命令行代码创建了爆炸结果的 xml 文件。

任何使用 Biopython NCBI 命令行工具解决此问题的帮助将不胜感激！

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您的nr变量以nr.pal. nr（没有.pal）应该没问题。如果删除pal不起作用。.ncbirc您可以尝试在您的主目录中设置一个文件，该文件具有以下内容：

[BLAST]
BLASTDB=/directory/path/to/blast/databases

它基本上为爆炸数据库查找设置了一个环境变量。之后，您可以在变量中简单地使用nr（不需要路径） 。nr

顺便说一句，您可以检查NcbiblastxCommandline使用print blastx_cline. 我的猜测是它与您手动输入的不同。

编辑：查看http://www.biostars.org/以了解类似于 StackExchange 格式的特定于生物信息学的问题。

于 2012-05-21T05:36:23.327 回答
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似乎有效的命令列出了与从代码示例中调用的数据库不同的数据库：

# In the code
-db /Users/Priya/Documents/Python/ncbi-blast-2.2.26+/bin/nr.pal

对比

# From the command line
-db /Users/priya/Documents/Python/ncbi-blast-2.2.26+/bin/nr

尝试在第 2 行中将该路径的分配更改为 nr，以便它反映您在命令行中使用的不带“.pal”的路径。

于 2012-05-21T05:31:30.863 回答