(这遵循ggplot2 loess Q我得到了一个很好的答案) - 导致这个情节:
我的 R 知识非常有限(对不起!)
我使用表 data1 中的数据绘制散点图。
data1<-NaRV.omit(data[,c(2,3,7,10)]) #(2=start, 3=end, 7=value, 10=type)
ylabs='E / A - ratio'
p1<-ggplot(data1, aes(x=start, y=value)) +
ylim(0,5) +
geom_point(shape=points, col=pointcol1, na.rm=T) +
geom_hline(aes(yintercept=1, col=linecol)) +
geom_smooth(method="loess", span=spanv, fullrange=F, se=T, na.rm=T) +
#
xlab(xlabs) +
ylab(ylabs)
有些区域没有数据(包括中间的一个大区域,但也有较小的离散区域),我想在 y=0 处绘制一个彩色段来说明这一事实
我将这两种数据类型合并到一个带有标签列#10='type' 的表中(散点数据 ='cnv' 和 no-data='nregion' 的内容)。nregions 在值列中有 0。
我怎样才能只用'cnv'数据作为散点图,只用'nregion'数据来绘制线段;都在同一个情节上?
我找到了geom_segment:
+ geom_segment(aes(x=data1$start, y=0, xend=data1$end, yend=0))
但是我没有找到为每个 ggplot 子图设置子集的方法。
谢谢
#### 跟进@gauden 解决方案嗨@gauden,我尝试了你的方法,它部分奏效了。我的问题是我不能像使用 ]-1 那样很好地划分数据;0] 因为我的 nregions 是分散的(由图片中的蓝点和线表示)并且对于每个新图形都不同,如下图所示:
因此,黄土像以前一样穿过大的nregion。如何防止 nregions 出现黄土?
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## plot settings (edit below)
spanv<-0.1
pointcol1="#E69F00"
pointcol2="#56B4E9"
pointcol3="#009E73"
points=20
onecol="green"
colnreg="blue"
xlabs=paste(onechr, " position", " (loess-span=", spanv, ")", sep="")
##### end edit ##############
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## using the center coordinate of each segment and points
## prepare plot #1
# plot E / A - ratio
## draw loess average for cnv
## draw line for nregion
ylabs='E / A - ratio'
p1<-ggplot(chrdata, aes(x=start+1000, y=E.R, group=type, label=type)) +
ylim(0,5) +
geom_hline(aes(yintercept=1, col=onecol)) +
geom_point(data = chrdata[chrdata$type != 'nregion',], shape=points, col=pointcol2) +
geom_smooth(data = chrdata[chrdata$type != 'nregion',], method="loess", span=spanv) +
geom_point(data = chrdata[chrdata$type == 'nregion',], col=colnreg) +
geom_segment(data = chrdata[chrdata$type == 'nregion',], aes(x=start, y=E.R, xend=end, yend=E.R), colour=colnreg, linetype=1, size=1) +
xlab(xlabs) +
ylab(ylabs)