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我有一个看起来像这样的矩阵：

SNP     G1      G2      G3
marker1 TT      CC      TT
marker2 AA      AA      AA
marker3 TT      TT      TT

我希望它看起来像这样：

SNP     
>marker1    TT  G1
>marker2    AA  G1
>marker3    TT  G1
>marker1    CC  G2
>marker2    AA  G2
>marker3    TT  G2
>marker1    TT  G3
>marker2    AA  G3
>marker3    TT  G3

我正在使用这个：

        bsp2<- read.table("C:/R/bsp2.csv", header=TRUE) 

       reshape(as.data.frame(bsp2), direction="long", varying = list(colnames(bsp2)
       [2:6]), v.names="G", idvar="SNP")

但我收到错误消息“选择了未定义的列”。谁能告诉我我做错了什么？

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2 回答 2

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melt从reshape2使用这将更容易：

dat <- read.table(text = "SNP     G1      G2      G3
marker1 TT      CC      TT
marker2 AA      AA      AA
marker3 TT      TT      TT",header = T,sep = "")

require(reshape2)
melt(dat,id.var = "SNP")

      SNP variable value
1 marker1       G1    TT
2 marker2       G1    AA
3 marker3       G1    TT
4 marker1       G2    CC
5 marker2       G2    AA
6 marker3       G2    TT
7 marker1       G3    TT
8 marker2       G3    AA
9 marker3       G3    TT
于 2012-05-02T16:40:12.817 回答
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虽然 joran 是正确的，但它在底座上进行了重塑，可能更容易融化。

bsp2 <- read.table(text="SNP     G1      G2      G3
marker1 TT      CC      TT
marker2 AA      AA      AA
marker3 TT      TT      TT ", header=TRUE)

bsp2.long <- reshape(bsp2, direction="long", varying = 2:4, v.names="G", 
    timevar="TIME", times=paste0("G", 1:3), idvar="SNP")

rownames(bsp2.long) <- seq_len(nrow(bsp2.long))
bsp2.long

产生：

      SNP TIME  G
1 marker1   G1 TT
2 marker2   G1 AA
3 marker3   G1 TT
4 marker1   G2 CC
5 marker2   G2 AA
6 marker3   G2 TT
7 marker1   G3 TT
8 marker2   G3 AA
9 marker3   G3 TT

请注意，您需要 R 2,15 才能像我使用的那样工作paste0。如果您没有 R2.15 并且不想安装它，请将该参数替换为times=c("G1", "G2", "G3"). 此外，我所称TIME的不是必需的，因为 R 会这样称呼它，time但我这样做是为了表明您可以使用reshape.

于 2012-05-02T17:24:24.257 回答