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我有一个 0 和 1 的二进制数据集，其中 0 表示不存在，1 表示存在事件。

数据集的示例如下所示：

events    germany    Italy 
Rain      0          1
hail      1          0
sunny     0          0

我想通过从文件中读取数据以热图的形式获得该数据的红白相间的图片。

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编辑：针对下面的评论，这里是一个示例数据文件（作为“data.txt”保存在磁盘上）：

Rain  0 0 0 0 1 0 1 0 0 1
Hail  0 1 0 0 0 0 0 1 0 0
Sunny 1 1 1 0 1 0 1 0 1 1

在 python 中，我们可以读取标签并通过以下方式绘制此“热图”：

from numpy import loadtxt
import pylab as plt

labels = loadtxt("data.txt", usecols=[0,],dtype=str)
A      = loadtxt("data.txt", usecols=range(1,10))

plt.imshow(A, interpolation='nearest', cmap=plt.cm.Reds)
plt.yticks(range(A.shape[0]), labels)

plt.show()
import pylab as plt

在此处输入图像描述

于 2012-05-01T13:42:17.180 回答
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见?image。使用您的数据

dat <- data.matrix(data.frame(Germany = c(0,1,0), Italy = c(1,0,0)))
rownames(dat) <- c("Rain","Hail","Sunny")

这让我们接近：

image(z = dat, col = c("white","red"))

但更好地处理轴标签会很好......尝试：

op <- par(mar = c(5,5,4,2) + 0.1)
image(z = dat, col = c("white","red"), axes = FALSE)
axis(side = 1, labels = rownames(dat), 
     at = seq(0, by = 0.5, length.out = nrow(dat)))
axis(side = 2, labels = colnames(dat), at = c(0,1), las = 1)
box()
par(op)

这使

二进制热图

要让热图反过来，转置dat( image(z = t(dat), ....)) 并在调用中进行，在第一个和第二个调用中axis()更改side为（并将 移动到另一个调用。即：21las = 1

op <- par(mar = c(5,5,4,2) + 0.1)
image(z = t(dat2), col = c("white","red"), axes = FALSE)
axis(side = 2, labels = rownames(dat2), 
     at = seq(0, by = 0.5, length.out = nrow(dat2)), las = 1)
axis(side = 1, labels = colnames(dat2), at = c(0,1))
box()
par(op)
于 2012-05-01T11:56:38.920 回答
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在 R 中使用 reshape 和 ggplot2

library(reshape)
library(ggplot2)

dat <- data.frame(weather=c("Rain","Hail","Sunny"), Germany = c(0,1,0), Italy = c(1,0,0))

melt.data<-melt(dat, id.vars="weather", variable_name="country")

qplot(data=melt.data,
      x=country,
      y=weather,
      fill=factor(value),
      geom="tile")+scale_fill_manual(values=c("0"="white", "1"="red"))

在此处输入图像描述

于 2012-05-01T16:22:36.283 回答
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在 R 中尝试：

library(bipartite)
mat<-matrix(c(0,1,1,0,1,1),byrow=TRUE,nrow=3)
rownames(mat)<-c("Rain","hail","sunny")
colnames(mat)<-c("Germany","Italy")
visweb(mat,type="None")

对于红色方块和标签尺寸控制：

visweb(mat,type="None",labsize=2,square="b",box.col="red")
于 2012-05-01T12:00:45.013 回答
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可能基础 R 中最简单的解决方案是：

rownames(dat) = dat$weather
heatmap(as.matrix(dat[,2:3]), scale='none')

...假设您的数据框被调用dat。热图并不漂亮，但它又快又简单。第一行不是必需的。它仅用于使天气标签显示在热图中。

于 2015-02-23T10:57:39.350 回答