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我有一个看起来像这样的文件：

ATOM   7748  CG2 ILE A 999      53.647  54.338  82.768  1.00 82.10           C  
ATOM   7749  CD1 ILE A 999      51.224  54.016  84.367  1.00 83.16           C  
ATOM   7750  N   ASN A1000      55.338  57.542  83.643  1.00 80.67           N  
ATOM   7751  CA  ASN A1000      56.604  58.163  83.297  1.00 80.45           C  
ATOM   7752  C   ASN A1000      57.517  58.266  84.501  1.00 80.30           C

如您所见，“”在第 4 列和第 5 列之间消失（从 0 开始计数）。因此下面的代码失败了。我是 python 新手（总时间现在整整 3 天！）并且想知道处理这个问题的最佳方法是什么。只要有空格， line.split() 就可以工作。我是否必须进行字符计数，然后使用绝对引用解析字符串？

import string
visited = {}
outputfile = open(file_output_location, "w")
for line in open(file_input_location, "r"):
    list = line.split()
    id = list[0]
    if id == "ATOM":
        type = list[2]
        if type == "CA":
            residue = list[3]
            if len(residue) == 4:
                residue = residue[1:]
            type_of_chain = list[4]
            atom_count = int(list[5])
            position = list[6:9]
            if(atom_count >= 1):
                if atom_count not in visited and type_of_chain == chain_required:
                    visited[atom_count] = 1
                    result_line = " ".join([residue,str(atom_count),type_of_chain," ".join(position)])
                    print result_line
                    print >>outputfile, result_line
outputfile.close()
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3 回答 3

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PDB 文件似乎是固定列宽文件，而不是空格分隔。因此，如果您必须手动解析它们（而不是使用诸如pdb-tools 之类的现有工具），则需要使用更多类似以下内容的方法来分割队列：

id = line[0:4]
type = line[4:9].strip()
# ad nausium
于 2012-04-26T19:22:33.330 回答
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使用字符串切片：

print '0123456789'[3:6]
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那里有一个不对称 - 第一个数字是您需要的第一个字符的从 0 开始的索引。第二个数字是您不再需要的第一个字符的从 0 开始的索引。

于 2012-04-26T19:21:52.020 回答
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可能值得安装Biopython，因为它有一个 Parse PDB 模块。

我在您的示例数据上使用了以下代码：

from Bio.PDB.PDBParser import PDBParser

pdb_reader = PDBParser(PERMISSIVE=1)
structure_id="Test"
filename="Test.pdb" # Enter file name here or path to file.
structure = pdb_reader.get_structure(structure_id, filename)

model = structure[0]

for chain in model: # This will loop over every chain in Model
    for residue in chain:
        for atom in residue:
            if atom.get_name() == 'CA': # get_name strips spaces, use this over get_fullname() or get_id()
                print atom.get_id(), residue.get_resname(), residue.get_id()[1], chain.get_id(), atom.get_coord() 
                # Prints Atom Name, Residue Name, Residue number, Chain Name, Atom Co-Ordinates

这打印出来：

CA ASN 1000 A [ 56.60400009  58.1629982   83.29699707]

然后我在一个更大的蛋白质上尝试了它，它有 14 条链（1aon.pdb）并且效果很好。

于 2012-04-26T23:41:44.383 回答