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我在这里有多段代码，并且在将它们放在一起时遇到问题，因此我的函数将实际运行。

我有一个功能：

def getGenes(spliced, infile, outfile):

它有一个可选的第一个参数“-s”，当用户输入时，它表示一个“开关”，需要“拼接基因序列”。因此，我跟着它（另外，运行时。sys.agrv[1] = spliced sys.argv[2] = infile 和 sys.argv[3] = outfile）：

import sys
spliced = False
if '-s' in sys.argv:
    spliced = True
    infile, outfile = sys.argv[2:]

现在，无论文件是否包含我想将以下内容从 infile 写入 outfile 的开关：

fp = open(infile, 'r')
for line in fp:
    line = line.replace(',',' ')
    tokens = line.split()
    if '-s' in sys.argv and r:
        wp.write('>'+tokens[0]+'|'+tokens[1]+'('+tokens[2]+')'+':'+int(tokens[3])+'-'+int(tokens[4])+'|'+int(tokens[5])+'-'+int(tokens[10])+','+int(tokens[8])+'-'+int(tokens[11]))
    else:
        wp.write('>'+tokens[0]+'|'+tokens[1]+'('+tokens[2]+')'+':'+int(tokens[3])+'-'+int(tokens[4]))

第一个语句应该在给定拼接参数时编写，第二个（其他部分）应该在没有给出拼接参数时编写）。上面的代码为输出文件下一行的序列创建信息行。

在此之后，根据文件中的一行在特定位置是否包含“+”或“-”，访问另一个文件以在特定坐标处提取字符串。取出来的这部分应该直接写在上面对应的行下面。所以，我应该为拼接和未拼接的参数都有一个“+”和“-”部分。我有以下代码：

fp2 = open('chr22.fa', 'r')
for line in fp2:
    newstring = ''
    z = line.strip()
    newstring += z
for line in fp:
    fields = line.split('\t')
    gene_ID, chr, strand = fields[:2]
    start = int(fields[3])
    end = int(fields[4])
    bc = {'A': 'T', 'C': 'G', 'G': 'C', 'T': 'A', 'N':'N'}       
    if strand == '+':
        wp.write(newstring[start:end]) 
    if strand == '-':
        newstart, newend = -(start + 1), -(end + 1)
        wp.write(bc[base.upper()] for base in newstring[newstart:newend])

如您所见，我让它根据是否存在“+”或“-”从文件中选择不同的部分。也就是说，我需要将它用于拼接和未拼接选项。但是从该文件中提取的每一行（或字符串）都应与其相应的信息行（在最后一段代码中创建）一起放置。这里的代码是从另一个文件中提取一个序列并翻译它。

我需要以某种方式将这两段代码放在一起，以便我的输出文件的格式具有：

一条信息

对应序列

另一条信息线

对应序列

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你不能只做一个，然后另一个，像这样：

for line in fp:
  # Info line
  line = line.replace(',',' ')
  tokens = line.split()
  if '-s' in sys.argv and r:
    wp.write('>'+tokens[0]+'|'+tokens[1]+'('+tokens[2]+')'+':'+int(tokens[3])+'-'+int(tokens[4])+'|'+int(tokens[5])+'-'+int(tokens[10])+','+int(tokens[8])+'-'+int(tokens[11]))
  else:
    wp.write('>'+tokens[0]+'|'+tokens[1]+'('+tokens[2]+')'+':'+int(tokens[3])+'-'+int(tokens[4]))

  # Sequence line
  fields = line.split('\t')
  gene_ID, chr, strand = fields[:2]
  start = int(fields[3])
  end = int(fields[4])
  bc = {'A': 'T', 'C': 'G', 'G': 'C', 'T': 'A', 'N':'N'}       
  if strand == '+':
    wp.write(newstring[start:end]) 
  if strand == '-':
    newstart, newend = -(start + 1), -(end + 1)
    wp.write(bc[base.upper()] for base in newstring[newstart:newend])

或者我在这里错过了什么？

于 2012-04-26T13:53:47.317 回答