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我偶然发现了一个 Genbank 格式的文件（此处显示为一个最小的虚拟示例），其中包含如下嵌套功能：

FEATURES             Location/Qualifiers
     xxxx_domain     complement(complement(1..145))

这样的功能使当前的 Biopython Genbank 解析器（1.59 版本）崩溃，但在以前的版本（例如 1.55）中显然没有。显然这种行为已经在 1.57 中（见下面的评论）。

从 Biopython bugtracker 看来，旧的 locationparser 代码似乎在 1.56 中被删除：

从我可以从ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genbank/gbrel.txt和http://www.insdc.org/documents/feature_table.html#3.4.2上的格式描述中推断出，这是最可能无效。（但请参阅下面的评论）。

有人可以对此发表评论。即这是 Biopython 中的故障还是 Genbank 文件的格式？

完整的演示文件：

LOCUS       XXXXXXXXXXXXXX         240 bp    DNA     circular     17-JAN-2012
DEFINITION  xxxxxx.
KEYWORDS    xx.
SOURCE      
  ORGANISM  
FEATURES             Location/Qualifiers
     xxxx_domain     complement(complement(1..145))
                     /vntifkey="1"
                     /label=A label
                     /note="A note"
BASE COUNT       75 a        57 c        42 g        66 t 
ORIGIN
        1 tttacaaaac gcattttcaa accttgggta ctaccccctt ttaaatatcc gaatacacta 
       61 ataaacgctc tttcctttta ggtaaacccg ccaatatata ctgatacaca ctgatagttt 
      121 aaactagatg cagtggccga ccatcagatc tagtaggaaa cagctatgac catgattacg 
      181 cattacttat ttaagatcaa ccgtaccagt ataccctgcc agcatgatgg aaacctccct 
//

显示错误的最小演示程序（假设安装了 Biopython 1.59 和 Python 2.7，并且上述文件以“test.gb”的形式提供：

#!/usr/bin/env python
from Bio import SeqIO
s = SeqIO.read(open("test.gb")), "r"), "genbank")

这崩溃了

    raise LocationParserError(location_line)
Bio.GenBank.LocationParserError: complement(1..145)
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1 回答 1

1

我认为这是一个无效的位置。这是来自 NCBI 文件还是其他地方？

请注意，对于 Biopython 1.60（下一个版本），我们计划将错误位置视为警告，而不是停止解析的错误。

于 2012-04-18T21:32:23.917 回答