问题标签 [zenodo]

For questions regarding programming in ECMAScript (JavaScript/JS) and its various dialects/implementations (excluding ActionScript). Note JavaScript is NOT the same as Java! Please include all relevant tags on your question; e.g., [node.js], [jquery], [json], [reactjs], [angular], [ember.js], [vue.js], [typescript], [svelte], etc.

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zenodo - 如何查询 Zenodo 的相关标识符字段?

Zenodo开放数据存储库提供了一个基于 Web 的查询界面和复杂的查询语言。但是,我无法查询相关标识符(例如,补充 GiHub 存储库的数据集)以返回任何内容。

例如,对于这个Unix 历史存储库 Zenodo 数据集,对相应 GitHub 存储库 ( related_identifiers.identifier:"https://github.com/dspinellis/unix-history-repo" ) 的查询和记录的出版物的 DOI它(related_identifiers.identifier:"10.1007/s10664-016-9445-5")不返回任何结果。甚至更简单的查询,例如相关标识符为 DOI ( related_identifiers.scheme:doi ) 的数据集或与补充关系 ( related_identifiers.relation:isSupplementTo ) 关联的数据集都无法返回任何结果。其他查询,例如具有受限访问权限的数据集 ( accessrights:restricted) 或特定创作者 ( creators.orcid:0000-0003-4231-1897 ) 的作品可以正常工作。

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github - 如何模板 Zenodo 自动发布存档

我想使用 Zenodo 来归档我项目的下一个版本。项目存储库位于 GitHub 上。我配置了从 Zenodo 到 GitHub 的连接,当我创建下一个版本时,它会自动存储在 Zenodo 中。

但:

  • 描述只是描述形式发布,
  • 许可证设置为 other 而不是 GPL,
  • 作者是按他们在 GitHub 上的昵称显示的,而不是按名字显示的(也没有 orcid)。
  • 许多其他字段设置为空。

在一个版本中编辑它后,我需要在下一个版本中修复它。

有没有自动化的选项?一些配置文件?

这是我的项目https://zenodo.org/record/3363876

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zenodo - 我正在尝试在我的 ubuntu 18.04 上安装节点 js 7.4.0。并且 ./configure 可以正常工作。问题出在“make”命令中

deps/v8/src/v8_base.target.mk:577:目标配方'/home/sofi/Desktop/node-v7.4.0/out/Release/obj.target/v8_base/deps/v8/src/heap/heap .o' 失败 make[1]: * [/home/sofi/Desktop/node-v7.4.0/out/Release/obj.target/v8_base/deps/v8/src/heap/heap.o] 错误 1 ​​make[ 1]:离开目录 '/home/sofi/Desktop/node-v7.4.0/out' Makefile:73: 目标 'node' 的配方失败 make: * [node] 错误 2

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github - 直接从 HPC 下载数据到 Zenodo

我通过 ssh 进入了一个 HPC 系统,并且我有一堆旧数据想存储在 Zenodo 上。但是,到目前为止我发现的唯一解决方案是创建一个 Github 存储库,将数据提交到所述存储库,然后将数据从 Github 存储库传输到 Zenodo。我真的很想知道是否有办法直接从 HPC 系统到 Zenodo,特别是因为我知道 Github 对存储在其服务器上的数据有一些限制,比 Zenodo 小得多(1G vs 50 G) . 任何帮助将不胜感激。

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html - 格式化熊猫数据框以发布到 Zenodo 描述

我正在使用Zenodo REST API上传数据,我想在description. 网站状态description属性可以是html.

我的元数据存储在 pandas 数据框中,所以我首先尝试使用该to_html()函数。

这个输出字符串充满了很多很多回车符(不知道为什么),这不起作用(见这里)。

'\n \n \na\n 元数据\n \n \nb\n 到\n \n \nc\n 发布\n \n \n'

这是我尝试过的一个例子。

在此处输入图像描述

我尝试了许多其他选项to_markdown(),包括to_string()但没有一个效果很好。

我的问题是:如何将 pandas 数据框格式化为可以在 Zenodo 中显示的表格description

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linux - “错误 429:请求过多。” 使用 wget 从 Zenodo 下载大文件(15G)时发生

我想从这里下载 Zenodo 的 LoDoPaB-CT 数据集。

在此处输入图像描述

“测试”和“验证”数据已成功下载。但是在下载火车数据时,这些数据非常大。ERROR 429: Too Many Requests有时开始下载后,我总是收到错误消息。也就是说当下载大小在1G~3G左右时,就会出现429错误。我应该怎么做才能解决这个问题?谢谢!

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python - 如何从命令行在 Zenodo 中创建帐户?

我正在使用 Zenodo 来共享开放科学的数据集。

我正在使用来自 https://github.com/jhpoelen/zenodo-upload的命令上传数据集以自动执行任务,即

./zenodo_upload.sh [deposition id] [filename]

但是,我想自动化整个流程,即:

  • 创建zenodo帐户
  • 上传到zenodo

更具体地说,从 ubuntu 机器运行 sh 或 python 脚本:

  • 从 ubuntu 机器使用命令行在 Zenodo 中创建一个帐户
  • 上传数据集

是否有可能做到这一点?

我很想听听是否有替代方案?

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github - 如何更新 Zenodo 中的版本?

v1.0.0我在 github 上发布了一个版本。并在 Zenodo 获得了它的 DOI。但现在我添加了一些脚本并发布了 v1.0.1。但是当我在 Zenodo 中查看它时,它仍然显示 v1.0.0。如何更新此版本并获取 DOI?

存储库是https://github.com/Yujie-Cui/WB-channels 在此处输入图像描述

另外,当我点击页面前面的上传时,它显示 在此处输入图像描述

这里的公众显示0。但草稿显示1。草稿显示我发布的内容。但是我已经拿到了最早版本的DOI。

谢谢!

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doi - 带有 Zenodo DOI 的 CrossRef Rest API

是否可以使用 CrossRef Rest API 在 Zenodo 中获取出版物的元数据?

例如,调用https://api.crossref.org/works/10.5281/zenodo.2594632返回SyntaxError: JSON.parse: unexpected character at line 1 column 1 of the JSON data

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github - 在 Zenodo 中包含 tarball 而不是来自 Github 的 zip 文件

我在 Github 上维护了一些(Unix)存储库,我将这些版本自动链接到 Zenodo。事实证明 Zenodo 只使用 Zip 文件,而不是 tar 球。就我而言,这很糟糕,因为 zip 文件至少会在 MacOS 的 GUI 上弄乱符号链接。

如何指示 Zenodo 实际使用 tar 球而不是 zip 文件?