问题标签 [vcftools]
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awk - 根据其他列的内容从 VCF 中提取变体位置
我有一个 vcf 文件,我正在尝试从这些列中提取信息:
但是,只有当 SAMPLE-1 列包含字符串 DeNovo(不是 DeNovoSV)并且 SAMPLE-1、SAMPLE-2 和 SAMPLE-3 都包含 PASS 时,我才想提取这些。
我试过使用 bcftools,见下文。
有没有办法使用 bcftools,或者将它与 awk 结合以获得我正在寻找的 vcf 文件格式的输出?
非常感谢
compare - 如何应用 vcftools --diff 并仅提取不同的变体
我正在尝试应用 vcftools --diff 以提取两个 VCF 文件之间的不同变体。
我得到这个结果:
我想提取这些仅属于主文件(第一个文件)的 419593 个站点,您知道是否有办法做到这一点?我想提取的这些站点可以在新的 vcf 文件中吗?如果您能帮助我,我将不胜感激!
谢谢