问题标签 [rosalind]

这是我对 rosalind 项目问题的解决方案。

如果我运行prot('AUGGCCAUGGCGCCCAGAACUGAGAUCAAUAGUACCCGUAUUAACGGGUGA')，我会得到正确的输出'MAMAPRTEINSTRING'。但是，如果 rna 的序列（输入字符串）是数百个核苷酸（字符）长，我得到一个错误：

你能指出我哪里出错了吗？

我正在尝试解决http://rosalind.info/上的“孟德尔第一定律”问题

我尝试了几种不同的方法，但我无法让我的解决方案返回与他们页面上的示例问题相同的答案。我知道他们的样本输出是正确的。

这是我所拥有的：

我不确定代码是否错误，或者我计算概率的方法是否错误。本质上，这个想法是获取所有可能的父母的列表，然后根据他们是纯合显性、隐性或杂合子，计算每对父母产生至少具有一个显性等位基因的孩子的概率。然后将每个结果除以父母对的总数。之后，我只是总结列表。但是我的回答有点错误。

谁能指出我正确的方向？

编辑： cartProd 是传递给它的两个列表的“笛卡尔积”，如果你愿意的话。

我有问题

样本数据集：顶点数为 5，边数为 4 且 1 2, 2 3, 4 3, 2 4 是边列表的图。

此数据集的度数数组为 1 3 2 2 0（按顶点顺序）。

我为这个数据集做了双度数组。它是 3 3 5 2 0。

我哪里错了？

作为即将到来的生物信息学课程的准备，我正在做一些来自 rosalind.info 的作业。我目前被困在“孟德尔第一定律”的作业中。

我想我可以通过这个蛮力强迫自己，但不知何故，我的想法一定太复杂了。我的方法是这样的：

建立一个具有三个级别的概率树。有两种生物交配，生物 A 和生物 B。第一级是，选择生物 A 纯合显性 (k)、杂合 (m) 或纯合隐性 (n) 的概率是多少。似乎以纯合显性为例，因为总共有 (k+m+n) 个生物，其中 k 个是纯合显性的，所以概率是 k/(k+m+n)。

然后在这棵树中，假设我们知道 A 被选为什么生物，那么在每一个下面都会出现生物 B 为 k / m / n 的概率。例如，如果生物 A 被选为杂合子 (m)，那么生物 B 也是杂合子的概率为 (m-1)/(k+m+n-1)，因为现在剩下的杂合子少了一个。

这将给出两个级别的概率，并且会涉及大量代码以达到这一点，因为我实际上是在构建一个树形结构，并且每个分支都为该部分手动编写了代码。

现在选择生物 A 和 B 后，他们每个人都有两条染色体。这些染色体之一可以随机挑选。所以对于 A 染色体 1 或 2 可以被挑选出来，对于 B 来说也是一样的。所以有 4 种不同的选择：挑选 A 的 1，挑选 B 的 1。挑选 A 的 2，挑选 B 的 1。挑选 A 的 1，挑选 B 的 2。挑选A 中的 2 个，B 中的 2 个。这些中的每一个的概率都是 1/4。所以最后这棵树会有这些叶子概率。

然后从那里以某种方式通过魔术我将所有这些概率加起来，看看两种生物产生具有显性等位基因的生物的概率是多少。

我怀疑这项任务是否旨在花费数小时来解决。我在想什么？

更新：

以最荒谬的蛮力方式解决了这个问题。只需运行数千次模拟交配并找出最终具有显性等位基因的部分，直到有足够的精度来通过分配。

我正在尝试在http://rosalind.info/problems/iprb/上解决问题

给定：三个正整数k、m和n，表示包含k+m+n生物的种群：k个体对于一个因素是纯合显性的，m是杂合的，并且n是纯合隐性的。

返回：两个随机选择的交配生物将产生具有显性等位基因（并因此显示显性表型）的个体的概率。假设任何两种生物都可以交配。

我的解决方案适用于示例，但不适用于产生的任何问题。经过进一步研究，似乎我应该找到随机选择任何一种生物的概率，找到选择第二种生物的概率，然后找到该配对产生具有显性等位基因的后代的概率。

那么我的问题是：我下面的代码找到的概率是多少？它是否找到所有可能交配的具有显性等位基因的后代的百分比 - 因此，如果所有配对都经过测试，我的代码正在解决具有显性等位基因的后代的百分比，而不是一个随机交配的概率？

我能够针对给定的示例输入数据测试以下代码，并且能够成功验证。

http://rosalind.info/problems/1c/

但不知何故，对于我下载的任何数据集，网站都没有接受答案。我不确定我是否遗漏了什么。

我为此使用了朴素的 indexOf 函数。除非输入字符串真的很大，否则不确定是否真的需要 KMP。

我在第 9 行收到错误“列表分配索引超出范围”我必须获取具有最大 gc 内容的键并打印 gc 内容值和键。这只是我正在做的一个例子，而问题可能包含超过 2 个序列。

如何解决 Rosalind 上的重叠图问题？

http://rosalind.info/problems/grph/

我是一名业余程序员（我的实际专业是生物学），所以如果代码很糟糕，我深表歉意。

无论如何，我正在做一个 rosalind.info 练习（http://rosalind.info/problems/subs/），希望我找到一个特定 DNA 基序包含在更大 DNA 序列中的每个索引。基本上，我需要在字符串中找到子字符串的索引。应该很容易吧？好吧，也许你可以帮助我。

所以这是我的代码：

这是我的输出：

我把它***Repl Closed***留在那里，努力不遗余力。也许它与 Sublime REPL 有关？

无论如何，您可能无法仅通过查看来判断，但实际上在 DNA 序列中多次发现该基序，只是查找功能没有发现它。是什么赋予了？

我正在研究 Rosalind 问题Mortal Fibonacci Rabbits，当我使用我的算法编写的 JavaScript 时，网站一直告诉我我的答案是错误的。当我在 Python 中使用相同的算法时，我得到了不同的（正确的）答案。

只有当结果变大时才会发生不一致。例如在 JavaScript 中fibd(90, 19)返回2870048561233730600，但在 Python 中我得到2870048561233731259.

JavaScript 中的数字是否给了我不同的答案，或者在我的 JavaScript 代码中犯了一个微妙的错误？

JavaScript 解决方案：

Python解决方案：