问题标签 [rcpp]

我一直在使用 Rcpp 和 RInside 来集成R和C++。我们有一个复杂但设计良好的 C++ 架构，我发现很难从一个函数中访问 R。是否可以将R 实例传递给不同的类/函数，以获得更多的 OOP 设计？如果是，有没有例子？

为了详细说明查询，我想说这样的话，

我目前注意到的是，每次调用 foo，可能会创建一个新的 RInside 实例。

谢谢 - 埃贡

我正在与 R 中的一个奇怪问题作斗争。我使用旧版本的 Rcpp 将 R 与一些 C++ 集成（遗憾的是升级不是一个选项！），我使用的 Rcpp 是旧的 RccpTemplate 。但是我怀疑问题就在那里。

我有一些大部分时间运行良好的 R 代码，但有时（尤其是在处理大量数据时）会神秘地失败Value of SET_STRING_ELT() must be a 'CHARSXP' not a 'character'

它总是在列表操作中失败，例如：

但是，如果我options(error=recover)在错误后使用并尝试相同的操作，则可以毫无问题地执行分配。C++ 只处理数字向量，实际上在时间上与失败的分配代码相去甚远。

所以我的模糊问题是：这种行为的最常见原因是什么？记性不好？坏对象（也许是坏的RcppResultSet）？我在解决这个问题时遇到了麻烦......

为了完整性：

我的代码尝试通过 C++ 模拟 R shell，它允许用户通过 tcp 连接发送 R 命令，然后在运行时通过 RInside::parseEvalQ 函数将这些命令传递给 R 实例。我必须能够处理格式错误的命令。每当一个错误的命令作为 parseEvalQ 的参数给出时，我就会捕获抛出的运行时错误（查看 RInside.cpp，我的特定错误在 parseEval(const string&, SEXP) 函数中被标记为 'PARSE_ERROR' 'status'），what()给出“St9exception”异常。

我有两个问题，第一个比第二个更紧迫：

1个。在初始解析错误之后，任何对 parseEvalQ 的后续调用都会导致另一个解析错误，即使参数有效也是如此。解析错误是否以某种方式破坏了嵌入式 R 实例？

1b。RInside 文档建议使用 Rcpp::Evaluator::run 处理 C++ 中的 R 异常（我怀疑在调用 parseEval(const string&, SEXP) 期间在 R 实例中的某个地方抛出异常，然后它返回错误状态 'PARSE_ERROR '）。我尝试过尝试使用它，但在网上找不到如何实际使用 Rcpp::Evaluator::run 的示例。

2. 在我的程序中，我将 stdout 和 stderr（在 C++ 级别）重新路由到我的 tcp 连接的文件描述符，来自 RInside 实例的任何错误消息都会发送到控制台，但是常规输出不会。我发送 RInside 命令 'sink(stderr(), type="output")' 以将 stdout 重新路由到 stderr（因为 stderr 似乎出现在我的控制台中），但仍然没有显示常规输出。'print(command)' 有效，但我想要一种更简洁的方式将标准输出直接传递到控制台，就像在普通的 R shell 中一样。

任何帮助和/或想法将不胜感激。我的代码的精简版本如下所示：

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在 R 中使用内联包中的 cxx 函数时，如何更改 cpp 编译器的优化标志？

默认情况下，在我的机器上，它使用-g -O2. 但我想使用-O3优化来提高速度。Rcpp如果这有什么不同，我会使用插件。

我尝试创建自己的插件，并且尝试设置 cxxfunction 的不同参数，但没有任何效果。

我想一种选择是使用R CMD SHLIB而不是使用cxxfunction. 但是 Rcpp 推荐使用 of，inline因为他们的大多数测试用例都在使用它。

感谢您的帮助，如果您需要任何说明，请告诉我

我有一个 R 中的向量列表列表，结构如下：

当我将 A 传递给 Rcpp 函数时，

但是A(i)(j)(n)不会改变的值仍然是0，任何人都知道是什么问题吗？

谢谢，我无法更改A[[i]][[j]][[n]]

这是我第一次尝试 Rcpp，这个非常简单的问题给我带来了麻烦。我想使用嵌套的 for 循环对矩阵的各个值进行操作，一次一列。我的目标是这样的脚本：

所需的输出将是这样的：

问题显然出在这一行，我不知道如何引用矩阵的各个元素。

抱歉，如果这是一个愚蠢的新手问题。任何提示将不胜感激！

我想研究 rcpp 以提高我的一些 R 代码的速度，而不必求助于凌乱的 C++ 代码（我在这方面取得了一些成功，但它看起来像是来自地狱的代码）。

因此，我检查了 Rcpp 提供的文档，以及Dirk Eddelbuettel 网站上提供的文档包。我安装并查看了 RcppExamples，但是（至少从它的文档中）其中大多数都指的是 RcppClassic?。除此之外，我进行了一些谷歌搜索，但这并没有得到看似基本问题的答案。

• Rcpp 中的索引是从零开始还是从一开始
• List 同时提供operator()and operator[]，但显然不是 operator[[]]。目前尚不清楚哪些[]与[[]]R中的和相似。
• Rcpp 中的因素是否有任何支持（似乎没有）？

注意：事实上，我从 Rcpp-introduction.pdf 的第一个示例中找到了一些答案，但这感觉就像运气一样。

另外，我stl的很生疏，所以如果有人可以为我提供一个简单的示例，其中 List 的每个元素都是 (eg) print-ed 带有 stl 样式的循环，那就太好了。

如果有人因为找不到此信息而想称我为白痴：继续努力吧。然后制作我的并指向我需要的文档:-)

作为对 Eddelbuettel 先生和其他 Rcpp 作者的建议（我希望他们中的一些人能读到这篇文章）：doxygen 提供的类层次结构等在你已经深入 Rcpp 时非常整洁，但对于初学者（在Rcpp），我更感兴趣的是“这个类中的这个方法就像 R 中的那个函数一样”，而不是“你可以在这个头文件中找到这个运算符的声明”。毕竟，我了解 Rcpp 的目标之一是降低在 R 中使用 C++ 的门槛？注：就我所见所闻，我非常看重Rcpp的实际代码，对它的创造者表示最崇高的敬意。如果缺乏基本文档仅仅是“缺乏资源”的结果，我愿意成为一种资源（例如：在“基本”上工作

我已经编写了一个函数Rcpp并用inline. 现在，我想在不同的内核上并行运行它，但我遇到了一个奇怪的错误。这是一个最小的示例，该函数funCPP1可以自行编译并运行良好，但不能被snow'sclusterCall函数调用。该函数作为单个进程运行良好，但在并行运行时会出现以下错误：

这是一些代码：

我正在将 R 代码翻译成 c++，我想找到一个等效的（最佳）结构，它允许与数据帧相同类型的操作，但在 c++ 中。

操作是：

• 添加元素（行）
• 从索引中删除元素（行）
• 获取最小值的索引

例如：

当我使用 Rcpp 时，Rcpp::DataFrame 可能是一个选项（我不知道我会怎么用 which.min 它），但我想这对于任务来说相当慢，因为这些操作需要重复很多次并且我不需要将它运回 R。

编辑：

目标。只是说清楚这里的目标是提高速度。这是将代码从 R 转换为 C++ 的明显原因（可能还有其他原因，这就是我澄清的原因）。但是，维护和易于实施排在第二位。

操作更精确。算法是：向数组中添加大量数据（多行），然后提取最小值并将其删除。重复。这就是为什么我不会选择排序向量，而是总是根据需要搜索最低数据，因为数组经常更新（添加）。我认为它更快，但也许我错了。

我想设置-std=c++0x，使用带有内联的 Rcpp。

我在使用内联包时看到了 R: C++ Optimization 标志，但不想在系统范围内进行更改，所以我在 Dirk 的回答中尝试了选项 2。

我试过了：

但是详细的输出表明它忽略了这一点。我也尝试使用 CFLAGS，并且不包括现有值，但没有效果。