问题标签 [pymatgen]

我已经熟悉 pymatgen 包，需要制作相图。这个网页上有一个快速教程，介绍了如何制作三元图，但我实际上想制作一个更简单的纯物质图。

我想到了这样的事情。我浏览了文档并进行了很多谷歌搜索，但无法找到我要查找的内容。也许可以将 pymatgen 中的数据与 matplotlib 之类的图形包结合起来？

所以，使用 pymatgen，我有一个结构对象。我想要做的是获得结构内的所有键角。我可以遍历每个原子以获得所有键角，但这将包括每个原子，无论它们相距多远，这当然是一个问题。

现在，我可以使用“get_neighbors”函数找到每个中心原子的邻居，但是，我不确定从这里去哪里，特别是因为“get_angle”函数采用整数值而不是原子站点对象。

以下是我到目前为止的代码：

所以我有一个邻居数组，我也知道它们对应的是哪个原子，现在我只需要获取所有相邻原子的角度。

任何帮助将不胜感激。

我正在尝试用 pymatgen 绘制 DOS（状态密度），但我无法使其工作。第一次在python中遇到self和class函数，所以我很茫然。

这个链接解释了具有我需要的功能的包（我需要使用get_site_t2g_eg_resolved_dos(site)类的一部分CompleteDos）。此链接包含这些功能的源代码。看看网上找到的例子我做了这个代码

该代码返回一个错误，我确信这是因为该函数get_site_t2g_eg_resolved_dos未正确使用。

即使您不知道 pymatgen 提供的链接，我认为您可以帮助我以正确的方式使用这些功能，我将非常感激。提前致谢！

编辑：我正在尝试的代码现在看起来如何，因为我不确定我是否正确地做事，所以留下两者。

输出错误：

pymatgen 模块应该适用于 Python 2.7.x 或 3。两者的文件都可用（https://anaconda.org/matsci/pymatgen/files）。我的 Python (sys.version) 是 2.7.11。

我尝试使用标准安装："conda install -c mastic pymatgen"，但它返回一个错误：

看起来它正在尝试为 Python 3 安装 pymatgen 模块，而我的版本较短。

我想安装 2.7.x 兼容版本，但找不到有关如何强制 conda 安装执行此操作的说明。

由于其他原因，我无法升级到 3.6。

如何使用 pymatgen 将原始结构转换为常规标准表示？

我正在使用 pymatgen 编写 .mcif 文件。我的结构总是沿 z 具有大小为 4 的共线磁矩，但在将它们写入文件之前，我注意到 pymatgen 使用函数 Magmom.get_moment_relative_to_crystal_axes() 转换它们。我的问题是：

• 这个函数到底是做什么的？
• 为什么对于某些晶格，我的磁矩保持 (0, 0, 4)，而对于另一些晶格，我得到三个非零分量，甚至幅度不再等于 4？

这是一个非常基本的问题，但我坚持了下来。我已经安装了 pymatgen 并遵循这个相图教程。当我尝试导入 pymatgen.borg 它给了我一个错误 我想我需要安装 pymatgen.borg 所以要安装 pymatgen.borg.queen 模块我使用了这些命令

但它不起作用，我收到此错误

找不到 pymatgen.borg.queen 的匹配分布

我有最新版本的 python (3.6.5) 并且 pip 已升级。我在 pip install 之后尝试了这些名称，到目前为止，它们都没有起作用：pymatgen.borg、pymatgen.borg.queen、pymatgen.apps.borg.queen、BorgQueen AbstractDrone（就像模块的名称）

这是Borgqueen 模块的链接如果你帮助我，我真的很感激

我正在关注 XRD 绘图教程，正如我在本教程中所说的那样，我导入了

在定义结构后，我尝试用这些命令绘制它

但我遇到了这个错误：'没有属性'show_xrd_plot'

我应该怎么做才能使它工作，非常感谢，感恩节快乐

我试图在 VASP POSCAR 中找到所有 A 型原子，然后使用 pymatgen 在以 A 型原子的每个位置为中心的半径（“r”）球体中随机添加“n”个 B 型原子，并每次返回新POSCAR。

我试图pymatgen.analysis.local_env通过使用以下脚本使用 min_dist 方法分析使用模块获得的结果：

我得到以下输出，其中一部分如下所示。我知道 () 中的第一个坐标是笛卡尔坐标。我认为 [] 中的坐标是周期性图像，但是当我分析它们时我很怀疑。谁能帮我理解[]中这些坐标的实际含义和意义，例如第一种情况下的[-0.3863，-0.2759，1.3863]等等。

['Ti0', '[PeriodicSite: O (-0.8310, -0.7224, 22.9070) [-0.3863, -0.2759, 1.3863], PeriodicSite: O (-1.3193, 1.8955, 23.8405) [-0.3863, 0.7241, 0.3863], PeriodicSite : O (1.6691, -0.7224, 24.2132) [0.6137, -0.2759, 1.3863], PeriodicSite: O (1.1809, 1.8955, 25.1466) [0.6137, 0.7241, 0.3863]]'], ['Ti1', '[PeriodicSite: (-1.3145, -0.7079, 26.8777) [-0.5786, -0.2704, 1.5786], PeriodicSite: O (-1.8028, 1.9100, 27.8111) [-0.5786, 0.7296, 0.5786], PeriodicSite: O (1.1858.2, -80.) [0.4214, -0.2704, 1.5786], PeriodicSite: O (0.6974, 1.9100, 29.1173) [0.4214, 0.7296, 0.5786], PeriodicSite: O (-1.0443, -0.0383, 29.4055) [-46,105, -0.0]']4' ], ['Ti2', '[PeriodicSite: O (-1.4562, 0.0380, 33.2391) [-0.5796, 0.0145, 1.5796], PeriodicSite: O (-1.9444, 2.6559, 34.1725) [-0.5796, 1.0145,0.5796]，周期性：o（1.0440，0.0380，34.5452）[0.4204，0.0145，1.5796]，ofericicsite：o（0.5557，2.6559，35.4787 [-0.4213, 0.2705, 1.4213]]'],