问题标签 [pygsl]

我正在寻找一个可以在 Python 中集成僵硬 ODE 的好库。问题是，scipy 的 odeint有时会给我很好的解决方案，但初始条件的最轻微变化会导致它倒下并放弃。MATLAB 的刚性求解器（ode15s 和 ode23s）非常愉快地解决了同样的问题，但我不能使用它（即使是 Python，因为 MATLAB C API 的 Python 绑定都没有实现回调，我需要传递一个函数到 ODE 求解器）。我正在尝试 PyGSL，但它非常复杂。任何建议将不胜感激。

编辑：我在使用 PyGSL 时遇到的具体问题是选择正确的阶跃函数。其中有几个，但没有直接与 ode15s 或 ode23s 类似（bdf 公式和修改后的 Rosenbrock，如果有意义的话）。那么对于刚性系统来说，什么是好的阶跃函数呢？我必须对这个系统求解很长时间才能确保它达到稳态，而 GSL 求解器要么选择一个很小的时间步长，要么选择一个太大的时间步长。

我正在尝试在 Python 程序中使用分布函数（我已经弄清楚的随机函数；我正在专门寻找 gsl_cdf_beta_Pinv()）但我找不到它。有人可以告诉我如何在程序中使用这些或快速替代方案吗？

谢谢，

马克·Ch。

我正在尝试使用最新版本的 GCC 安装 pygsl，即：

我得到错误：

知道可能是什么原因造成的吗？谢谢。

是否可以在 Debian 中安装 pygsl？我正在使用该软件包，而使用 Debian 的人不确定如何在不破坏其包装的情况下安装它（因为它不在 apt-get 中。）

我求解了一组对 ODE，我使用与此示例类似的 GSL ODE 求解器求解。目前这是通过在python中编写文件来自动化的，例如

然后用相关单词替换字符串text并写入文件script.c。然后我用os.system它来运行它，例如

所有这些都非常不雅，所以我一直在阅读有关替代品的文章，并且到目前为止偶然发现了 PyGSL、CythonGSL。这些似乎缺乏适当的文档，我还不够聪明，无法弄清楚它们是如何工作的！

任何建议将不胜感激。

我正在尝试在我的计算机（64 位 Windows 7）上安装 PyGSL，并安装了 Python 2.7 和 GSL 1.15。我几乎被困住了，我很想得到一些额外的帮助。GSL 安装得很好，但问题在于它的包装器。由于某种原因，我无法构建 pygsl。显然 gcc 是问题所在（在另一台 Windows 机器上遇到了同样的问题）。或者可能是 pygsl 似乎在使用名为 AMD64 的文件，而我的计算机是 x86。我很想为 pygsl 使用 windows 二进制文件，但它只存在于 python 2.5，我的项目需要 2.6 或更高版本。我已经为 GSL 使用了 windows 二进制文件并从源代码构建它，但无论哪种方式我都遇到了同样的问题。我尝试将 dll 从 GSL 复制到 pygsl 中，但这没有用。一些论坛提到了一个名为 gsl.dll 的文件，但我似乎找不到它。我'

我运行的cmds：

有任何想法吗？？谢谢。

干杯，贝雷克帽

在 Cygwin 中得到与 windows cmd 提示符相同的消息。错误信息：

我正在使用 pygsl 的 multifit_nlin 模块进行非线性最小二乘拟合。pygsl 是 c 数值库 gsl 的 python 绑定。我遇到的问题似乎与 pygsl 或 gsl 无关，但它只出现在这种情况下。

我正在将函数的参数拟合到某些数据。要使用 pygsl 进行参数拟合，我需要定义函数及其 jacobian。然后multifit_nlin的fitter lmsder在拟合过程中需要时调用这两个函数。当我调用 jacobian 时，它会生成一个数字矩阵。我可以将此矩阵输出到屏幕上，并且我看到数字是正确的。接下来，我定义一个 lmsder 类并使用 lmsder.set 命令对其进行初始化。我使用 lmsder.getJ() 命令将雅可比矩阵输出到屏幕，我看到的数字与以前相同。当然，这不是我想要对我的代码执行的操作，仅用于说明和调试目的。

jacobian 和 lmsder.getJ() 的输出之间的一致性是您所期望的，因为 lmsder.getJ() 访问由 jacobian 函数生成的内存中的 jacobian 矩阵。但是，如果我插入一行代码，请说 print 'bob" （或其他任何内容），如下所示

其中 ... 表示适当的参数。然后 print solver.getJ() 打印一个矩阵，该矩阵是雅可比矩阵的转置，较低的行填充了随机内容。再说一次，这只发生在 set() 和 getJ() 调用之间有额外的代码行时。

如果我正常执行我的代码，即我拥有的整个拟合过程，代码可以正常工作。如果雅可比矩阵确实是 getJ() 命令所显示的内容，那么在很多地方都会引发异常。因此，我确定我的代码可以正常工作，并且因为我为参数获得的值是合理的。

我还跟踪了 pygsl 一直到 gsl 的 c 库的调用链。没有什么会导致这个问题。此外，gsl 已经存在了很长时间，并且像显示矩阵这样简单的东西在很久以前就已经修复了。

对可能导致此问题的原因有任何建议吗？垃圾收集器，导入语句的错误顺序，多核？我可以使用哪些工具来检查内存泄漏、垃圾收集过程？

谢谢，亚历山大

尝试使用pygsl库时出现此错误：

gsl安装在 1.16 版中。版本pygsl是 0.9.5 从头开始​​编译，我先安装 gsl并pygsl连接到最新版本的gsl. env没有关于 to或gsl的信息pygsl。出现此错误是因为编译的 gsl 版本与运行的 gsl 版本不一致。如何告诉 python 我要运行哪个版本的 gsl？无论如何，还有什么可能导致此错误，我该如何解决？

我已经有了 gsl 库，当我尝试在我的 mac（OS X 10.10.3）中安装 pygsl 时，我得到了（我只发布了最后几行）

指示和错误的行是

我检查了有关“cc”问题的另一个答案，他们建议使用

接着

但不工作

我拥有的cc版本是： Apple LLVM version 6.0 (clang-600.0.57) (based on LLVM 3.5svn)

当我运行“python setup.py build”时，错误如下，gsl版本是gsl_1.16 pygsl版本是pygsl-2.3.0