问题标签 [pyarrow]
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hdfs - 使用 PyArrow 从 HDFS 读取镶木地板文件
我知道我可以使用 pyarrow 连接到 HDFS 集群pyarrow.hdfs.connect()
我也知道我可以使用pyarrow.parquet
's读取镶木地板文件read_table()
但是,read_table()
接受文件路径,而hdfs.connect()
给我一个HadoopFileSystem
实例。
是否可以仅使用 pyarrow(安装了 libhdfs3)来获取驻留在 HDFS 集群中的镶木地板文件/文件夹?我希望得到的是to_pydict()
函数,然后我可以传递数据。
python - pyarrow 可以将多个 parquet 文件写入 fastparquet 的 file_scheme='hive' 选项之类的文件夹吗?
我有一个数百万条记录的 SQL 表,我计划使用 pyarrow 库将其写入文件夹中的许多 parquet 文件。数据内容似乎太大而无法存储在单个 parquet 文件中。
但是,我似乎无法使用 pyarrow 库找到允许我指定以下内容的 API 或参数:
正如 fastparquet python 库所支持的那样。
这是我的示例代码:
这会引发错误:
如果我用以下内容替换最后一行,它可以正常工作,但只写入一个大文件:
有什么想法可以用 pyarrow 进行多文件输出吗?
python - arrow_table = pa.Table.from_pandas(df) ... 将 Python 对象转换为 String/UTF8 时出错
我编写了一个简单的代码来读取带有 pandas 的 read_csv 的 .csv(完全取决于 pandas 类型推断)。我收到错误消息:
我在互联网上找不到任何有用的东西来解决这个问题。如何在 pyarrow.from_pandas(type= ...) 中使用 'type' 参数
谢谢你。
datetime - overflow error using datetimes with Pyarrow
While randomizing datetimes to test a database, I saved them to parquet using pyarrow.parquets' write_table()
, then read them back using read_table()
.
Upon trying to convert to Python datatypes with to_pydict()
, I recieved the following error:
I played around, and this happens for datetimes with year larger then 2700 or so (This was at work and this is a larger number, forgot the exact one that was lower).
I'm new to pyarrow, is this expected behavior?
python - 使用 AWS Lambda (Python 3) 读取存储在 S3 中的 Parquet 文件
我正在尝试使用 AWS Lambda 在 S3 中加载、处理和编写 Parquet 文件。我的测试/部署过程是:
- https://github.com/lambci/docker-lambda作为模拟 Amazon 环境的容器,因为需要安装本机库(numpy 等)。
- 此过程生成 zip 文件:http ://docs.aws.amazon.com/lambda/latest/dg/with-s3-example-deployment-pkg.html#with-s3-example-deployment-pkg-python
- 在 zip 中添加一个测试 python 函数,将其发送到 S3,更新 lambda 并对其进行测试
似乎有两种可能的方法,它们都在 docker 容器本地工作:
- fastparquet with s3fs:不幸的是,解压后的包大小超过 256MB,因此我无法用它更新 Lambda 代码。
带有 s3fs 的 pyarrow:我关注了https://github.com/apache/arrow/pull/916,当使用 lambda 函数执行时,我得到:
- 如果我在 URI 前加上 S3 或 S3N(如代码示例中所示):在 Lambda 环境
OSError: Passed non-file path: s3://mybucket/path/to/myfile
中的 pyarrow/parquet.py,第 848 行。在本地,我进入IndexError: list index out of range
pyarrow/parquet.py,第 714 行 - 如果我不使用 S3 或 S3N 作为 URI 前缀:它在本地工作(我可以读取镶木地板数据)。在 Lambda 环境中,我
OSError: Passed non-file path: s3://mybucket/path/to/myfile
在 pyarrow/parquet.py 的第 848 行中得到了相同的结果。
- 如果我在 URI 前加上 S3 或 S3N(如代码示例中所示):在 Lambda 环境
我的问题是:
- 为什么我在 docker 容器中得到的结果与在 Lambda 环境中得到的结果不同?
- 给出 URI 的正确方法是什么?
- 是否有一种可接受的方式通过 AWS Lambda 读取 S3 中的 Parquet 文件?
谢谢!
python - 使用 pyarrow 从分区拼花数据集中读取特定分区
我有一个有点大(~20 GB)的镶木地板格式的分区数据集。我想使用pyarrow
. 我以为我可以使用 来完成此pyarrow.parquet.ParquetDataset
操作,但似乎并非如此。这是一个小例子来说明我想要什么。
创建随机数据集:
我想读取分区 1 的所有值,仅读取分区 2 的 True。使用pandas.read_parquet
,这是不可能的,我必须始终读取整个列。我尝试了以下方法pyarrow
:
这也不起作用:
我可以pyspark
像这样轻松地做到这一点:
如下所示:
这可以用pyarrow
or完成pandas
,还是我需要一些自定义实现?
更新:根据 Wes 的要求,现在在JIRA上。
python - 羽毛和镶木地板有什么区别?
两者都是用于数据分析系统的柱状(磁盘)存储格式。两者都集成在Apache Arrow( python 的pyarrow包)中,旨在与Arrow对应,作为一个柱状内存分析层。
两种格式有何不同?
在可能的情况下,您是否应该在与熊猫一起工作时总是更喜欢羽毛?
附录
我在这里找到了一些提示https://github.com/wesm/feather/issues/188,但考虑到这个项目的年轻,它可能有点过时了。
不是一个严肃的速度测试,因为我只是在转储和加载整个 Dataframe,但如果你以前从未听说过这些格式,给你一些印象:
dataframe - 在镶木地板中保留 dask 数据框划分
当我保存具有有效分区的 dask 数据帧时,回读时不存在分区
我怎样才能保留分区df2
?
我需要吗
- 以不同的方式保存
df
? - 读
df2
不同? - 阅读后以某种方式恢复分区
df2
?
按照@mdurant 在评论中的建议,我发现使用engine ='fastparquet'
. 不幸的是,fastparquet 无法序列化我的数据。
当 fastparquet 没有时,为什么 pyarrow 会丢失分区信息。
python - 使用 Pyarrows 的 HdfsClient 进行多处理
我有一个顶级函数,它获取一个包含 parquet 文件路径和列名的元组。
该函数仅从文件中加载列,转换为 pandas,然后将其打包/序列化为标准形式。就像是:
这在我使用本机模式时有效,也就是从本地文件系统读取文件。
但是,如果我尝试通过 hdfs 读取,我会得到奇怪的(对我来说)箭头错误,无论是当我在每个进程中打开一个连接还是尝试使用同一个连接时。这是错误的压缩版本:
[libprotobuf 错误 google/protobuf/message_lite.cc:123] 无法解析“Hdfs.Internal.RpcResponseHeaderProto”类型的消息,因为它缺少必填字段:callId、状态 [libprotobuf 错误 google/protobuf/message_lite.cc:123]无法解析“Hdfs.Internal.RpcResponseHeaderProto”类型的消息,因为它缺少必填字段:callId、状态 [libprotobuf ERROR google/protobuf/message_lite.cc:123] 无法解析“Hdfs.Internal.RpcResponseHeaderProto”类型的消息” 因为它缺少必填字段:callId,状态 [libprotobuf 错误 google/protobuf/message_lite.cc:123] 无法解析类型为“Hdfs.Internal.RpcResponseHeaderProto”的消息,因为它缺少必填字段:callId,状态 2018- 01-09 21:41:47.939006, p10007, th139965275871040,错误无法在服务器“192.168.0.101:9000”上调用 RPC 调用“getFileInfo”:RpcChannel.cpp:703:HdfsRpcException:RPC 通道到“192.168.0.101:9000”得到协议不匹配:RPC 通道找不到挂起的调用:id = 3.@未知
_object*, 箭头::io::HdfsPathInfo*) @ __pyx_pw_7pyarrow_3lib_16HadoopFileSystem_15isfile(_object*, _object*) @ 未知 @ 未知
2018-01-09 21:41:47.939103,P10007,TH139965275871040,信息重试iDempotent rpc呼叫“ getfileinfo”服务器“ getfileinfo” on Server“ 192.168.0.0.0.101:9000在服务器“192.168.0.101:9000”上调用 RPC 调用“getFileInfo”:RpcChannel.cpp:780:HdfsRpcException:RPC 通道到“192.168.0.101:9000”得到协议不匹配:RPC 通道无法解析响应标头。@未知
_object*, 箭头::io::HdfsPathInfo*) @ __pyx_pw_7pyarrow_3lib_16HadoopFileSystem_13isdir(_object*, _object*) @ 未知 @ 未知
“192.168.0.101:9000”:RpcChannel.cpp:780:HdfsRpcException:RPC 通道到“192.168.0.101:9000”得到协议不匹配:RPC 通道无法解析响应标头。@未知
_object*, 箭头::io::HdfsPathInfo*) @ __pyx_pw_7pyarrow_3lib_16HadoopFileSystem_13isdir(_object*, _object*) @ 未知
“192.168.0.101:9000”:RpcChannel.cpp:780:HdfsRpcException:RPC 通道到“192.168.0.101:9000”得到协议不匹配:RPC 通道无法解析响应标头。@未知
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“192.168.0.101:9000”:RpcChannel.cpp:780:HdfsRpcException:RPC 通道到“192.168.0.101:9000”得到协议不匹配:RPC 通道无法解析响应标头。@未知
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“192.168.0.101:9000”:RpcChannel.cpp:780:HdfsRpcException:RPC 通道到“192.168.0.101:9000”得到协议不匹配:RPC 通道无法解析响应标头。@未知
_object*, 箭头::io::HdfsPathInfo*) @ __pyx_pw_7pyarrow_3lib_16HadoopFileSystem_13isdir(_object*, _object*) @ 未知 @ 未知
2018-01-09 21:41:47.939854,p10010,th139965275871040,INFO 在服务器“192.168.0.101:9000”上重试幂等 RPC 调用“getFileInfo”
2018-01-09 21:41:47.939864,P10013,TH139965275871040,INFO INFO ETRY retry IDEMPOTENT RPC调用“ GetFileInfo”服务器“ ON SERVER” ON SERVER“ 192.168.0.0.0.101:9000服务器“192.168.0.101:9000”上的 RPC 调用“getFileInfo” 2018-01-09 21:41:47.939868,p10012,th139965275871040,INFO 重试服务器“192.168.0.101:9000”上的幂等 RPC 调用“getFileInfo”201-8 09 21:41:47.939868, p10009, th139965275871040, INFO 在服务器 "192.168.0.101:9000" 上重试幂等 RPC 调用 "getFileInfo" 2018-01-09 21:41:47.940813, p10014, th10014, th143996 调用 RPC 失败 "192.168.0.101:9000"服务器“192.168.0.101:9000”上的“getFileInfo”:RpcChannel.cpp:780:HdfsRpcException:RPC 通道到“192.168.0.101:9000" 得到协议不匹配:RPC 通道无法解析响应头。@未知
_object*, 箭头::io::HdfsPathInfo*) @ __pyx_pw_7pyarrow_3lib_16HadoopFileSystem_13isdir(_object*, _object*) @ 未知
2018-01-09 21:41:47.940937,P10014,TH139965275871040,INFO INFORETRY IDEMPOTENT RPC CALL“ GetFileInfo” Server“ On Server” On on Server“ 192.168.0.0.0.101:9000在服务器“192.168.0.101:9000”上调用 RPC 调用“getFileInfo”:RpcChannel.cpp:393:HdfsRpcException:无法在服务器“192.168.0.101:9000”上调用 RPC 调用“getFileInfo”@Unknown@Unknown
_object*, 箭头::io::HdfsPathInfo*) @ __pyx_pw_7pyarrow_3lib_16HadoopFileSystem_13isdir(_object*, _object*) @ 未知
管道@未知@未知
_object*, 箭头::io::HdfsPathInfo*) @ __pyx_pw_7pyarrow_3lib_16HadoopFileSystem_13isdir(_object*, _object*) @ 未知 @ 未知
2018-01-09 21:41:47.944519, p10011, th139965275871040, INFO 在服务器 "192.168.0.101:9000" 上重试幂等 RPC 调用 "getFileInfo" ------------------ -------------------------------------------------- ------- ArrowIOError Traceback(最近一次调用最后一次)
/home/parquet_sender.pyc in insert_files_parallel(self) 374 # print ('372 sqparquet filepath:', filepath) 375 params_with_path_and_mode = [col_params+(filepath, native) for col_params in pool_params] --> 376 bin_col = self.pool.map (read_binarize, params_with_path_and_mode) 377 got ('map complete') 378 num_rows = bin_col[0][2]
/usr/lib/python2.7/multiprocessing/pool.pyc in map(self, func, iterable, chunksize) 249 ''' 250 assert self._state == RUN --> 251 return self.map_async(func, iterable, chunksize).get() 252 253 def imap(self, func, iterable, chunksize=1):
/usr/lib/python2.7/multiprocessing/pool.pyc in get(self, timeout) 556 return self._value 557 else: --> 558 raise self._value 559 560 def _set(self, i, obj):
ArrowIOError:HDFS:GetPathInfo 失败
我很高兴收到有关此错误原因的任何反馈,以及我应该如何使用并行镶木地板加载。