问题标签 [nimble]
For questions regarding programming in ECMAScript (JavaScript/JS) and its various dialects/implementations (excluding ActionScript). Note JavaScript is NOT the same as Java! Please include all relevant tags on your question; e.g., [node.js], [jquery], [json], [reactjs], [angular], [ember.js], [vue.js], [typescript], [svelte], etc.
r - 控制台中的进度条,用于 R 中 MCMC 链的 Nimble 并行计算
我正在使用nimble
包来使用并行计算运行 MCMC 链。nimbleMCMC
Nimble 通常对于使用集成功能或runMCMC
组件功能按顺序运行的每个链都有很好的进度条。
nimble
您需要创建一个包含所有模型代码的自定义函数,包括该函数runMCMC
,然后parLapply
用于在集群上并行运行不同链的自定义函数。
https://r-nimble.org/nimbleExamples/parallelizing_NIMBLE.html
这计算得很好,但它会丢失原始进度条并且不显示进度。
这里有解决方案,但我认为它们不适用于 Nimble 框架:如何在 R 中显示并行计算中的代码进度?
可以使用 来创建进度条pblapply
,但这会将进度计算为基于已完成链/总链的百分比。例如,如果在 8 个内核上并行运行 8 个链,这基本上是没有信息的,因为它保持在 0%,直到所有链同时并行完成并跳转到 100%。
有没有办法从runMCMC
自定义函数中打印原始进度条?或者,以其他方式显示进度?
这是一个玩具 CJS 隐藏马尔可夫模型来说明: