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r - 控制台中的进度条,用于 R 中 MCMC 链的 Nimble 并行计算

我正在使用nimble包来使用并行计算运行 MCMC 链。nimbleMCMCNimble 通常对于使用集成功能或runMCMC组件功能按顺序运行的每个链都有很好的进度条。

nimble您需要创建一个包含所有模型代码的自定义函数,包括该函数runMCMC,然后parLapply用于在集群上并行运行不同链的自定义函数。

https://r-nimble.org/nimbleExamples/parallelizing_NIMBLE.html

这计算得很好,但它会丢失原始进度条并且不显示进度。

这里有解决方案,但我认为它们不适用于 Nimble 框架:如何在 R 中显示并行计算中的代码进度? 可以使用 来创建进度条pblapply,但这会将进度计算为基于已完成链/总链的百分比。例如,如果在 8 个内核上并行运行 8 个链,这基本上是没有信息的,因为它保持在 0%,直到所有链同时并行完成并跳转到 100%。

有没有办法从runMCMC自定义函数中打印原始进度条?或者,以其他方式显示进度?

这是一个玩具 CJS 隐藏马尔可夫模型来说明:

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nimble - 没有使用灵活的 SSl/TLS CA 证书

我正在使用 Msys2 运行和编译 c/nim 程序,我克隆了一个存储库,其中包含一个.nim我想运行但没有认证包的文件,nimcrypto所以我使用了命令

但收到此错误

我从哪里获得这些证书以及如何将它们添加到 nimble

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