问题标签 [neato]

我想以整洁的风格输出以下代码。

为什么在更换引擎时会出现错误？点引擎一切正常。

代码：

错误：

我正在尝试从以下点文件中绘制图表。当我希望它们按照自上而下的顺序排列时，neato 算法与节点重叠，而点算法将集群并排放置。

这是在这里添加的，因为 StackOv 说我没有添加足够的细节

编辑：我用完整的配置更新了点文件，所以你可以自己试试

我有一个很大但不是很大（？）的图，有 13 个子图集群，包含大约 100 个节点和 3,147 条边。

Windows 上的 Dot 崩溃和 Linux 上的段错误。

这个问题表明解决方案是使用neato，而不是dot。

但是，这个页面说

请注意这里有一些怪癖......只有 DOT 和 FDP 布局方法似乎支持子图

我的输出是一个巨大的黑色意大利面球，无论我放大多远。所以我删除了除一个之外的所有消息，这表明 subgrphs 似乎是相互嵌套绘制的。

它们绝对不会嵌套在源文件中；这是一个示例，更改了商业敏感名称：

这在语法上似乎是正确的（边缘紧随其后）。

因此，链接页面似乎是正确的：

只有 DOT 和 FDP 布局方法似乎支持子图

但是，看起来我也需要一个大图的neato。

我有哪些选择？

[Updtae] 我跑了fdp，得到以下错误信息

错误：节点“xxx”包含在两个不可比较的集群“AAA”和“BBB”中

这似乎提供了一个线索。一个节点名真的不能在两个集群中使用吗？

如果是这样，解决方案似乎是在节点名称之前加上集群名称......

我的脚本有错误，因为在路径中找不到“neato.exe”。当我查看 os.environ["PATH"] 时，确实C:\\Program Files (x86)\\Graphviz2.38\\bin，路径neato.exe不存在。我暂时可以通过添加这一行来进行破解，但这似乎并不令人满意。

尽管如此，它表明该错误ValueError("Program %s not found in path." neato.exe)是一个准确的错误。当我将路径添加到 Neato 时，该脚本有效。我在windows中添加C:\Program Files (x86)\Graphviz2.38\bin了我的环境变量，但无济于事。而且我还注意到我的路径环境中只有几条路径。Vars.，而不是 python 列出的许多。我正在使用 python 3.7 并使用 anaconda 导航器运行它。我想做一个更永久的改变，这样我就不必编辑上面neato.exe愚蠢的每个脚本if statement。有谁知道如何更改 os.environ["PATH"]anaconda 中的内容？

我正在使用networkx，networkx.drawing.nx_agraph.to_agraph。脚本agraph.py有这个函数（_which()），需要进行路径匹配，否则会抛出错误。

我已经按照此处给出的命令安装了graphviz，以将其与Networkx一起使用

但是尝试运行此处给出的代码时出现问题

我搜索了一下，发现Neato 缺少64 位版本。

这个问题还存在吗？有没有办法安装 Neato？

编辑：按照下面给出的说明，我在以下文件夹中安装了 Graphviz

有人可以建议如何从这里开始吗？

不起作用。

所以我尝试了，

返回

我现在不确定如何安装 pygraphviz。

我没有在 python 中生成一个大图，并且使用neatogot

显然，它既没有考虑形状也没有考虑节点的大小。我认为这样的布局引擎不应该存在，因为它们根本不是布局引擎。

这里是否有任何正常的布局引擎，通常会考虑节点的大小？

我一直在尝试找到一种方法来使用 DiagrammeR/GraphViz 在 R 中复制以下网络图格式，但没有成功（忽略 N1 上的黑色粗箭头）：https://i.stack.imgur.com/oHpQz。 PNG

该图是一个有向图，如果边值为正，则某个方向上的每条边都以箭头 (-->) 结尾，如果边值为负，则以圆/点 (--o) 结尾。在一对节点（例如 N1 -- A1）之间，可以有一条边 N1 --> A1 和一条边 A1 --o N1，这些需要集中起来，使两条边看起来像一条带一端为箭头，另一端为圆头（如：o--->）。这些不能是平行的，也不能在理想情况下看起来像两条边。

另一个要求是节点必须位于非常特定的位置，并且在边缘可能发生变化的整个模型模拟中始终保持在那里。根据我的尝试和我阅读的文档，这不可能以 DOT 格式执行，但可以使用 neoto 格式。

这是我遇到问题的地方。在neato 中，我可以通过定义节点的x、y 位置将节点精确地对齐到我想要的位置。但是，当我使用 concent = true 从两个平行的边缘创建 o---> 边缘时，只剩下一种类型的箭头。因此，应该看起来像 o---> 的边缘最终看起来像 ---> 或 o---。

这在 DOT 格式中不是问题，因为 concent = true 可以满足我的要求，但在 DOT 中我无法分配确切的节点位置。我尝试过使用节点等级来解决这个问题，但运气不佳。似乎将我想要的节点堆叠在同一等级内的不同等级中。同样，concentrate = true 似乎不适用于同一等级内的节点之间的边缘，因为它将它们作为两个单独的弯曲边缘 ---> 和 o--- 而不集中它们。

我需要这个工作的原因是因为我正在运行边缘发生变化的模型模拟，并且我需要生成数百个这样的图表。为了便于比较，节点需要保持在同一位置以保持一致性。

这是我使用neato格式所能想到的最接近的格式（节点以我想要的方式定位，但它没有显示正确的o--->所有黑色边缘减去自身边缘；红色边缘是真正的单向链接） : https://i.stack.imgur.com/YJBY7.jpg

如果只有边缘显示为正确的 o---> 格式，这将非常适合我的需要。如果您知道使用 DiagrammeR/GraphViz 甚至其他程序解决此问题的任何方法，我将不胜感激。谢谢！

有时，neato 会生成高度大于宽度的图形。有没有办法旋转图形，使其宽度总是比高度长？问题是：

• rankdir属性仅适用于 DOT

• landscape属性不旋转标签。地图的最长轴也不是水平的

  

我有一张最适合用neato 呈现的图表。但是，neato 似乎不支持集群？这是一个测试代码及其图形：

_{我也在GraphViz 论坛上问这个}