问题标签 [lmertest]

我有以下数据集：

并想绘制以下模型的固定效应斜率：

但是，当使用 sjPlot 包功能时，出现 sjp.lmer(FA, type = "fe.slope") 以下错误

我认为这可能与输出的矩阵结构有关，因此尝试使用“reshape2”融合 str 输出，但没有成功。有没有办法从模型输出中绘制固定效应斜率？提前致谢！

与 lme4:: lmer 对象相比，当我在 lmerTest:: lmer 上使用 anova 时，我得到的平方和和平均平方和高 10 倍。请参阅下面的 R 日志文件。请注意警告，当我附加 lmerTest 包时， stats::sigma 函数会覆盖 lme4::sigma 函数，我怀疑正是这导致了差异。此外，anova 报告现在说它是 III 型 anova，而不是预期的 I 型。这是 lmerTest 包中的错误，还是使用 Kenward-Roger 近似来改变自由度SumSQ 和 MSS 的计算以及我不明白的 anova 类型的规范？

我会附加测试文件，但它是机密的临床试验信息。如有必要，我可以看看我是否可以拼凑出一个测试用例。

提前感谢大家对此提供的任何建议。

更新：谢谢，本。我在 lmerTest 上做了一点代码考古，看看我是否可以对上述异常现象做出解释。首先，事实证明 lmerTest::lmer 只是将模型提交给 lme4::lmer，然后将结果重新标记为“mermodLmerTest”对象。这样做的唯一效果是调用 lmerTest 包中的 summary() 和 anova() 版本，而不是来自 base 和 stats 的通常默认值。（这些 lmerTest 函数已编译，我还没有进一步查看 C++ 代码。） lmerTest::summary 只是在 base::summary 结果中添加了三列，给出了 df、t 值和 Pr。请注意，默认情况下，lmerTest::anova 计算类型 III 的 anova，而不是 stats::anova 中的类型 I。（解释我上面的第二个问题。）如果一个人的模型包括交互，这不是一个很好的选择。

然而，使用 summary 和 anova 的 nlmeTest 版本还有其他惊喜，如下面的 R 控制台文件所示。我使用了 lmerTest 包含的 sleepstudy 数据，因此该代码应该是可复制的。

一个。请注意，“sleepstudy”有 180 条记录（有 3 个变量）

湾。fm1 和 fm1a 的摘要是相同的，除了添加了固定效应列。但请注意，在 lmerTest::summary 中，截距和天数的 ddf 分别为 1371 和 1281；奇怪的是，“sleepstudy”中只有 180 条记录。

C。就像我上面的原始模型一样，nlm4 和 nlmrTest 版本的 anova 给出了非常不同的 Sum Sq 和 Mean Sq 值。（分别为 30031 和 446.65）。

d：有趣的是，使用 Satterthwaite 和 Kenward-Rogers 估计的 DenDF 的 nlmrTest 版本的 anova 差异很大（分别为 5794080 和 28）。KR 值似乎更合理。

鉴于上述问题，我现在不愿意依赖 lmerTest 来提供可靠的 p 值。根据您（Doug Bates 的）博客条目（https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help/2006-May/094765.html），我现在正在使用（并推荐）Dan 发布的方法米尔曼（http://mindingthebrain.blogspot.ch/2014/02/three-ways-to-get-parameter-specific-p.html) 在下面的最后一段代码中估计一个朴素的 t 检验 p 值（假设基本上是无限自由度）和一个 Kenward-Rogers 对 df 的估计（使用 R 包 'pbkrtest' - lmerTest 使用的相同包）。我找不到 R 代码来计算 Satterthwaite 估计值。朴素的 t 检验 p 值显然是反保守的，但 KR 估计值被认为是相当不错的。如果两者给出了相似的 p 估计值，那么我认为人们可以对 [naive t-test, KR 估计值] 范围内的 p 值感到满意。

下面的代码和输出给出了我想要的解释——即底部的两个对比没有显着不同，但第三个与其他两个不同。如何找到用于此比较的比较和 p 值？

即我的目标是测试对比度 (1-2) @ target 3 明显小于其他两个对比度。

我安装了 lmerTest 包，但它掩盖了一些 lme4 功能，并且在我启动特定项目时自动加载。

我试过删除包，但现在我得到一个错误：

正在加载所需的包：.requirePackage(package) 中的 lmerTest 错误：无法找到所需的包 'lmerTest' 另外：警告消息：在库中（包，lib.loc = lib.loc，character.only = TRUE，logical.return = TRUE, : 没有名为 'lmerTest' 的包</p>

每次我打开 Rstudio 时，它都会尝试加载 lmerTest 包。错误消息重复十次。

我已经检查了 Rprofile 文件，但它不在其中。

这似乎是同一个问题： https: //support.rstudio.com/hc/en-us/community/posts/200798587-How-can-I-prevent-a-package-from-trying-to-load-在启动时-

我问了一个新问题，因为重复（ anova( ) 与 lmerTest 一起使用时不显示 p 值）并没有真正提供答案：我遇到了 lmerTest::anova 不会输出自由度和 p 的相同问题-特定模型的值（比上面提到的帖子中的要简单得多）：

我注意到，模型报告包含收敛代码 0 并且有 2 个优化器警告。可能是因为这个 lmerTest::anova 没有报告 p 值吗？模型本身的输出看起来很正常，只有非常高的 AIC、BIC 等（-10625）。有谁知道该怎么做？我读过也许应该选择另一个优化器，但这也能解决收敛问题吗？任何帮助表示赞赏！

编辑： 我上传了我的数据：http ://www.sharecsv.com/s/1e303e9cef06d02af51ed5231385b759/TestData.csv 谢谢你的帮助！

在使用 lme4 和 lmerTest 时，我偶然发现了一个影响 Mac OS 版本的 R 3.3.2（以及 .3！）的问题。

lmerTest 产生错误：

Satterthwaite 近似值的计算错误。返回 lme4 包的输出 从 lme4 返回的摘要 在 lmerTest 中发生了一些计算错误

MacOS 下的 R 3.2 和 Windows 下的任何 R 版本都不会出现此问题。但是，这不是安装问题，因为我在重新安装 R 后以及在另一台 Mac 上都重现了该错误。

这是示例代码：

系统信息如下：

在尝试获得 KR 自由度的经验分布时遇到了这个问题......

这似乎是相当危险的行为？它是否构成错误？

可重现的例子：

我正在使用包lme4运行以下混合模型：

其中 rest 是一个数值，habitat 是一个具有 3 个水平的因子变量。我正在尝试使用 lsmeans 包中的lsmeans对 3 个栖息地级别进行成对比较：

我使用这种方法一年多没有问题，但我需要重新运行模型，现在突然遇到这个错误：

我读到包lmerTest有它自己的 lsmeans (lsmeansLT) 版本，但我不想使用lmerTest包，因为它似乎不做成对比较。如何让我的旧代码使用lsmeans工作？

我正在处理一个大型数据集，并使用 R 包 lme4 使用线性混合效应模型分析连续因变量。我还使用了扩展 lmerTest，它允许计算各种图以及与固定和随机项相关的 p 值。

当我运行rand()以获取与每个随机项关联的 p 值时，我得到以下错误：

这是因为我的随机项之一包含缺失值，而其他项则没有。

我的问题是：在rand函数中，我该如何处理数据集大小的差异？是否有允许自动省略 NA 的参数？我试图查看该功能的帮助页面，但文档非常有限。

谢谢！

我无法让 lmerTest R 包工作（它用于为使用 lme4 包创建的对象提供统计测试）

当我加载它时，它会给出以下错误

我已经尝试在两个命令中删除并重新安装 lmerTest 和 lme4。我使用的是最新的 R 版本，两个包都安装在正确的库目录中，并且没有权限问题。当其他软件包出现此错误时，此错误的一般解决方案不起作用。