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c# - Seq API:使用集成安全进行身份验证?
如果没有在我的 Seq 实例上启用身份验证,我完全可以从 powershell 使用它,也就是说,以下只是有效的:
Invoke-RestMethod "https://myseqinstance/api/dashboards?shared"
但是,既然我已经启用了 Active Directory 身份验证并为自己添加了登录名,我仍然可以访问 Seq UI,但调用 API 失败。
Invoke-RestMethod "https://myseqinstance/api/dashboards?shared" -UseDefaultCredentials
现在这会产生 HTTP 401 - Unauthorized 错误。
我想我可能需要登录,所以我尝试了以下 HTTP GET 和 POST
所以两者都不起作用,即使集成安全性应该是可能的......如何使用集成安全性对 Seq API 进行身份验证?
serilog - Serilog 事件未保存
我正在尝试将作为来自 Web 服务的 API 响应的事件记录到文件/序列中。我知道这不是最佳做法,但在某些情况下,我需要这样做。保存在磁盘上的 JSON 大约是 400Kb。老实说,我可以排除其中的 2 部分(即返回为 base64 的图像),我认为我应该使用解构记录器,对吗?我尝试将 Seq 限制增加到 1mb,但内容甚至没有保存到日志文件中,所以我认为这不是问题......我使用 Microsoft Logging(ILogger 接口)Serilog.AspnetCore
有没有办法处理这种情况?提前致谢
r - 使用基因组范围对象作为参考从 .fasta 文件中提取多个序列时出错
我有一个对应于我的参考基因组的 fasta 文件和一个对应于我的数据的 SNP 调用的 vcf 文件。我想从我的 fasta 中获取每个 SNP 的序列。为此,使用 RI 加载 vcf 文件并使用以下命令从中提取基因组范围对象:
我将 SNP 的位置扩展到每侧一个碱基,但我不会在这里考虑它,因为它会给我的问题增加更多偏见。之后也使用 R,我使用 Rsamtools 包使用以下命令读取 fasta:
我使用以下命令检查了所有 SNP(或扩展窗口)是否没有超出我的 fasta 边界:
最后,我运行命令 do 使用我的 fasta 文件从 SNPrange 获取序列。但是我收到以下错误:
我注意到其他人也有同样的问题,但没有一个解决方案,所以我试图用我的方式解决它。我试图分别为每个染色体获取序列:
并且有效,但是有一些染色体存在完全相同的问题:
我怀疑问题可能是我要从中提取字符串的位置是我的 fasta 文件中的“N”。所以我试图在我的 fasta 文件中找到其中一个位置,其中 R 向我显示了一个错误。令我惊讶的是,它们不是“Ns”,而是杂合碱基。然而,当我通过染色体对我的数据进行子集化时,该算法能够识别出一个 Y(C/T)和其他杂合碱基,也就是说,它对简并碱基没有问题。所以我认为问题在于算法而不是我的数据。我在 bash 中使用以下命令从 fasta 文件的所需位置提取序列:
这是我的 sessinInfo