问题标签 [fhir-server-for-azure]

我正在使用 Microsoft Azure Storage Explorer 将患者资源数据从 MsSQL 移动到 FHIR 服务器的 Azure cosmos DB。我已经使用下面的 github 链接安装了 FHIR 服务器。

https://github.com/Microsoft/fhir-server/blob/master/docs/DefaultDeployment.md

我能够在 FHIR cosmos db 服务器中移动 MsSQL 服务器数据，但数据格式与 FHIR 服务器应用程序不匹配。

示例：-我有 sql server 端的患者数据，我们想使用 FHIR cosmos db（“资源类型”：“Patient”）移动所有数据并对其进行查询。FHIR 服务器应用程序/服务无法与 MsSQL 服务器数据进行映射。

是否有任何 Azure 函数可以运行，以便将数据批量摄取到 FHIR 服务器中？（使用 Postman 发布数据是一种不适用于批量数据的方法）

提前致谢。

我按照文档中列出的步骤从门户部署了 de Azure FHIR 服务器： https ://docs.microsoft.com/en-us/azure/healthcare-apis/fhir-oss-portal-quickstart 。

但是，创建所有资源后，我无法检索元数据。我向我显示以下错误：“您要查找的资源已被删除、名称已更改或暂时不可用”。

如果我错过任何一步，谁能告诉我？

我们在 Cosmos 数据库上运行 Microsoft FHIR 服务器，并且最近在 git-hub 上将我们的代码更新到了最新版本。更新后，搜索患者、从业者和人员的姓名似乎已更改。早些时候，无论搜索的字符串是给定的还是姓氏，都可以搜索 name= 并查找文档。在新版本中，我必须专门搜索给定名称。这是故意的吗？为了使搜索像以前一样工作，我们需要做些什么吗？

同样，早先搜索组织名称允许我们在名称中间进行搜索并查找文档。在新版本中，搜索只查找以搜索条件开头的组织名称。这是故意的吗？为了使搜索像以前一样工作，我们需要做些什么吗？

使用拼音搜索姓名的计划是什么？它在 FHIR 中可用，但到目前为止我还无法确定它是否在 Microsoft FHIR 服务器中实现以及它是如何工作的。

使用 Synthea，我生成了 10 个患者信息。我有一个 azure 帐户，我在其中设置了“Azure API for FHIR”服务。我完成了所有设置并尝试推送样本患者（如官方文档中所述）。我也可以通过患者 ID 检索患者信息。

但是，从 Synthea 生成的资源不仅仅是一种资源类型。它有许多条目，如 Patient、Organization、Claim 等。所有内容都捆绑在一个资源下 - bundle

像这样的东西..但是为患者提供了 100 多种资源类型。好在，它涵盖了患者的整个旅程。

使用邮递员我尝试在下面插入这个带有 api 的包

https://XXXXXX.azurehealthcareapis.com/Bundle/

我能够插入多个捆绑包。但是，当我使用以下 api 查询患者时

https://XXXXXX.azurehealthcareapis.com/Patient/

未检索到所有患者信息。

这是我的问题。

1. 逐包插入 - 这是正确的方法..或
2. 按资源插入资源.. Patient, Organization , Patient , Organization... 但这看起来毫无意义。因为，如果我需要找到患者的整个旅程，我将如何绘制它
3. 有什么方法可以将每个捆绑包转换为 CSV 文件。我想提取信息并在其上运行机器学习模型。

我正在使用 python 将 FHIR json 插入 Azure API for FHIR。我已经为 fhir 服务部署了 Azure api，并且还进行了应用注册。

我的应用程序不是 Web 应用程序。它只是读取输入 json 并将其发布到 FHIR 服务器。因此，我创建了公共/移动和桌面应用程序。

使用邮递员，我能够成功发布消息。但是，我想用我的 python 脚本来做到这一点。我对通过 OAuth2 获取访问令牌感到震惊。

我尝试了以下代码及其抛出空的租户 id 。当我在谷歌上搜索 OAuth2 时，有多个包，如 rauth、ADAL、msal。他们都没有为我工作。

我收到 200 个响应，但它返回一个 html，说明用户登录时出现问题。有没有一种通过 python 脚本获取 OAuth2 令牌的简单方法。我检查了与此相关的其他 SO 帖子。大多数答案对我不起作用。

我已使用此链接为 FHIR 部署和配置 Azure API - https://docs.microsoft.com/en-gb/azure/healthcare-apis/tutorial-web-app-fhir-server

使用邮递员，我能够成功地将患者信息插入 fhir-server。

为了自动化它，我使用 python 和客户端服务流。

我可以使用 get_access_token 获取访问令牌。但是，当我使用 access_token 并插入患者记录时，它会抛出 Authorization Failed - 403 错误。

注意：在 FHIR-Server Authentication 部分，我添加了我之前在 ADD 中创建的已注册 APP 的对象 ID。

我已经为 FHIR 服务器配置了 Azure API，并且能够将一些数据推送到其中。使用 post man 我可以查询服务器并读取 json 文件。

现在，我想继续下一步。将数据移动到数据湖中，然后在其上应用一些机器学习模型。

首先 -使用托管版本访问 Microsoft Azure 存储资源管理器中的 FHIR 数据- 根据此评论，使用托管版本时无法在 Cosmos DB 中查看数据。

现在，我对 FHIR 服务器数据的存储位置感到非常困惑。我提交的患者信息很少，我不确定它是否存储在数据库中。

我还有其他几个问题。要从 FHIR 服务器中获取数据，我应该先将其导出到 cosmos Db，然后设置一个数据工厂以将数据复制到 datalake 中，还是有什么办法，我可以直接创建一种管道类型的东西，让数据从中进入 datalake fhir-serve 自己。

有人可以指导吗？

我已经为 FHIR 和存储帐户设置了 Azure API。我按照本教程成功地将存储帐户与 FHIR 集成 - https://docs.microsoft.com/en-us/azure/healthcare-apis/configure-export-data

在集成过程之后，我发出以下休息命令

它返回了一个空正文的 202 响应。一旦我们发送导出命令，数据就会存储在我们的存储中，或者我们需要以某种方式在我们的 json 中指定存储帐户信息以启动导出过程。有人可以澄清吗？

我正在尝试处理包含超过 20000 个患者信息的 csv 文件。共有 50 列，每个患者将有多行作为其每小时数据。大多数列属于观察资源类型。比如心率、体温、血压。

我已成功将数据转换为 FHIR 格式。但是，当我尝试将数据推送到 FHIR 服务器中时，服务器会抛出一个错误，说最多只允许数据 500 个条目。

即使我等待多达 500 个条目并推送 json 文件，也需要花费大量时间来掩盖 20000 * 50 。有没有将数据批量插入到 azure fhir 服务器的有效方法？

目前，我正在使用以下代码。但看起来它需要相当多的时间和资源。因为我的 csv 文件中有大约 70 万行。

我有这样的患者心率每小时信息

对于每个小时的数据，我像这样创建了 json

我创建了一个资源包，其中包含 100 个 json 嵌套在条目中，并且我能够将其推送到 fhir-server 中。

上面给出的示例适用于一名患者和一个观察资源（心率）。我有超过 20000 名患者，拥有 50 种不同的观察资源类型。

有没有办法让一个 json 代表 100 个值，而不是创建 100 个不同的 json 条目。如果有任何方法可以将值数组映射到时间戳，则在值数量中。这会节省很多时间。