问题标签 [f2py]

我正在尝试使用f2py. 该代码使用 ifort 编译得很好，但在使用 f2py 时会抛出错误。这是代码（它超过两个文件）：

gdat.f90：

部分.f90：

我使用 编译它f2py -c gdat.f90 part.f90 -m part，但我得到关于 nx 和 ny 未定义的错误，例如：/var/tmp/tmp2hzU6s/src.linux-x86_64-2.7/untitledmodule.c: In function 'f2py_rout_untitled_pa​​rt': /var/tmp/tmp2hzU6s /src.linux-x86_64-2.7/untitledmodule.c:180: error: 'nx' undeclared (第一次在这个函数中使用)

显式数组的定义似乎有问题ARR。就像我说的，它在 ifort 上编译得很好。

我知道这是一段简单的代码，可以用另一种方式编写，但这只是我写的一个测试片：我实际上是在尝试编译一个更大的 fortran 模块集，这些模块在（使用来自中央模块的变量来定义边界），所以我真的很想让它工作而不是重写其他代码！

我正在尝试在我的 Mac 上使用f2py 。当我输入f2py终端时，返回：

知道如何解决这个问题吗？我安装了 numpy 和 scipy。

我有一个 python 脚本，我希望大致做到这一点：

1. 将一些粒子位置调用到数组中

2. 对所有 512^3 个位置运行算法以将它们分配到 NxNxN 矩阵

3. 将该矩阵反馈给python

4. 在 python 中使用绘图来可视化矩阵（即 mayavi）

首先我必须以串行方式编写它，但理想情况下我想并行化第 2 步以加快计算速度。什么工具/策略可以让我开始。我对 Python 和 Fortran 了如指掌，但对于如何针对我的特定问题将两者联系起来却知之甚少。目前我在 Fortran 中做所有事情，然后加载我的 python 程序 - 我想一次完成所有事情。我听说过 py2f，但我想在我进入一个特定的兔子洞之前获得有经验的人的意见。谢谢

编辑：我想要并行的东西是“令人尴尬的并行”，因为这只是 N 个粒子的循环，我想尽快通过该循环。

直到最近，我一直在使用 IDL 来解决我的大部分计算问题。我最常用的例程之一是一些 fortran90 代码，用 C 语言包装并使用 CALL_EXTERNAL 函数从 IDL 调用（这些都不是我写的）。由于各种原因，我将大部分计算转移到 Python，但我还没有找到一个合并 fortran 代码的好方法。F2PY 似乎是最明显的方法，但实际上生成的模块似乎非常不稳定。

基本上我想知道是否有更好的方法来解决这个问题。似乎重新设计现有的 C 包装器和 Cython 以使用 Python 中的代码应该相对简单，尽管我不得不承认我完全不了解 C/Cython 并且对 python 很陌生，所以任何帮助将不胜感激.

作为参考，我在下面包含了现有的 C 包装器：

编辑： 在向其他人提到这一点后，他们建议也应该可以使用 fortran ISO_C_BINDINGS 模块直接与 Cython 交互，绕过对中间 C 包装器的需要。

我有一个 python 包“trees”，其中包含使用 fortran 子例程的 myscript.py 文件。

通常我用

然后我可以做

它利用了 calctree.so

如果我通过运行使用 distutils 打包所有内容

setup.py 的内容在哪里

并在 MANIFEST.in 文件中指定“include trees/calctree.f90”，我可以包含 .f90 文件，但我不知道如何在用户计算机上使用 f2py 进行编译，并放置 .so 文件在适当的地方。有人可以帮忙吗？

谢谢！

我很难在 Python 中使用 f2py 编译模块。

我有一个用 Fortran 编写的软件，可以在 Linux 64 位机器上很好地编译。F2Py 进一步编译了一个 Python 模块，该模块也使用 Fortran 位。

以下是 Python 模块的编译方式：

但是，一旦我想导入该模块，就会出现错误（在 Ipython 中）：

老实说，我对这个错误感到困惑。搜索没有太大帮助，所以我需要在这里问你：我怎样才能让它工作？如果我将 python 模块代码放在与 mod 文件所在的目录相同的目录中，则会产生相同的错误消息。

这是我的一段（原始）代码：

如果我前段时间没记错的话，这个模块是可导入的，但似乎无法使其在 debian64 安装或 debian32bit 计算机上运行。

我有以下由 python 调用的子程序的开始：

从 python 调用：libomp.cic(pos,mpart,boxsize,dim,npart)

运行python脚本时出错：

出于某种原因，当我设置npart为整数时它可以工作，但它无法npart从 python 接收并动态创建数组pos。它适用于mesh使用dim但不适用pos，为什么？它与调用它们的顺序有关吗？

我继承了一个 Fortran 77 代码，它实现了几个子例程，这些子例程通过一个程序块运行，每次运行程序时都需要通过交互式命令提示符进行大量用户输入。由于我想自动运行代码，我将所有子例程移到一个模块中，并通过 F2PY 编写了一个包装器代码。两步编译后一切正常：

这最终会创建三个文件：my_module.o、my_wrapper.o、my_module.mod和my_wrapper.so. 这my_wrapper.so是我导入 Python 以访问旧版 Fortran 代码的模块。

我的目标是将此代码包含在更大的科学代码包中，该代码包已经setup.py用于distutils构建 Cython 模块。暂时完全忽略了 Cython 代码，我应该如何将 2 步构建转换为setup.py? 我已经能够弄清楚的关闭看起来像：

但是，这不起作用。我的编译器在 . 上抛出了许多警告my_module.f90，但它仍然可以编译（如果我使用上面的编译器调用，它不会抛出任何警告）。但是，当它尝试编译包装器时my_module.mod，即使它已成功创建，它也找不到 .

有什么想法吗？我有一种感觉，我错过了一些微不足道的东西，但文档似乎不够充实，无法表明它可能是什么。

我有一个包含许多有用子例程的 fortran 文件，我想使用 f2py 为其创建一个 Python 接口。

出现问题的原因是某些 fortran 子例程从 NAG 库（名为 c06ebf）调用 FFT 子例程。当导入 Python 时，它会产生“未定义符号：co6eb​​f”警告。

有没有其他方法可以在我的 Fortran 子例程中执行 FFT 并能够使用 f2py 从它创建 Python 接口？

我正在编译一个名为 prog.f 的 fortran 程序。它包含一个名为 test.inc 的包含文件。下面成功运行并显示我的包含文件已找到。我生成了一个 prog.so 文件。

但是，当我从 python 调用此模块时，我收到此错误消息：

我怀疑与我的编译参数有关，但我对 Fortran 不太熟悉。我还需要包含我的包含文件吗？如果有怎么办？