问题标签 [devtools]

我正在研究一个 R 包pk，比如说。我已经想出了如何使用它来安装它R CMD INSTALL，我也可以检查它并使用它。现在我想使用包中的run_examples函数devtools来专注于修复我的示例。但这就是发生的事情：

深入run_examples研究，它似乎在第一行崩溃，导致我找到

我究竟做错了什么？

我正在开发一个 R 包pk，比如说。run_examples我已经成功安装并使用了它，现在我正在尝试借助包中的函数来清理示例devtools。但是，它在第​​一个示例中崩溃：

由于我已经加载了我的包（使用require），我还需要做什么才能使其my_pk_fun可见run_examples？我已经检查过my_pk_fun它确实存在于我的 R 会话中。

更新： 根据 Dirk 的评论，我检查了我的命名空间文件，发现它完全是空的。正如文档所建议（尽管不推荐） ，我插入exportPattern("^[^\\.]")了 ，它似乎应该导出所有功能，包括my_pk_fun. 然而，在重复上面的实验后，（a）我得到了同样的错误，并且（b）命名空间文件的内容被删除了！为什么run_examples清空我的命名空间文件？

我正在尝试使用testthat. testthat和都devtools使用 安装install_github，测试代码在tests/testthat和test-all.R中tests。使用 R CMD 检查我得到

• 检查测试...运行'test-all.R' OK

和

>test()
测试 FASTIN
加载 FASTIN
IO 测试：......

相似地

> test_package('FASTIN')
IO 测试：......

对我的第一次测试体验非常满意，我现在想使用 `auto_test_package' 自动监控进一步的开发，但是从包根目录调用 9it 会给出：

>auto_test_package('./')
IO 测试：......
摘要中的错误（路径，文件 = TRUE）：指定的路径名​​不是文件：/Users/phil/Work/FASTIN-R/FASTIN-R /tests/testthat

我想这意味着测试运行但一旦完成就会出现问题？尝试手动设置它auto_test会产生相同的错误：

>auto_test('./R/', './tests/')
IO 测试：......
摘要中的错误（路径，文件 = TRUE）：指定的路径名​​不是文件：/Users/phil/工作/FASTIN-R/FASTIN-R/tests/testthat

我尝试设置auto_test为使用test/testthat，但这次测试运行但也抛出错误......

auto_test('./R/','./tests/testthat/')
IO 测试：12
1. 错误：SI 导入正常工作-------- -------------------------------------------------- --------------------
nchar(SI.predators) > 0 & nchar(SI.preys) > 0 不正确
1: addSI(SI.predators = SI.捕食者, SI.preys = SI.preys, Frac.Coeffs.mean = Frac.Coeffs.mean, Frac.Coeffs.var = Frac.Coeffs.var) at test_io.R:10
2: stopifnot(nchar(SI.predators) > 0 & nchar(SI.preys) > 0) 在 /Users/phil/Work/FASTIN-R/FASTIN-R/R/DataIO.R:56
3: 停止(sprintf(ngettext(length(r), "% s is not TRUE", "%s are not all TRUE"), ch), call. = FALSE, domain = NA)

我在这里做错了什么？我有点困惑，并没有testthat在github上的代码中找到直接答案......

任何帮助将非常感激！干杯

我正在尝试从我的 github repo 安装一个示例包： https://github.com/jpmarindiaz/samplepkg

当 repo 公开时，我可以通过 R 解释器使用以下任何命令安装它：

• install_github("jpmarindiaz/rdali")
• install_github("rdali",user="jpmarindiaz")
• install_github("jpmarindiaz/rdali",auth_user="jpmarindiaz")

但是当 git 存储库是私有的时，我得到一个错误：

我还没有弄清楚当 repo 是私有的时身份验证是如何工作的，有什么提示吗？

我可以看到我的包安装了library()，但是当我从库中加载包时，我无法调用任何函数。

我最近设置了一个 AWS 帐户，并且正在上传我需要的 R 包

该过程使用以下命令与 CRAN 包顺利运行，例如

对于非 CRAN 包，我从这个来源 https://github.com/hadley/devtools/issues/414获得了一些帮助并尝试了

压缩包（以及 github 上的其他包）下载，但随后出现错误

虽然那是 R 包被写入的地方

有没有人成功地完成了这个过程并且可以给我解决方案 Tx

我有一个数据框 df，它看起来是这样的：

我正在使用plotrixanddevtools包，并且已经安装了它们，并且barp2功能如下：

我正在使用的修改后的代码 ( barp2) 可在此处获得。

我正在尝试在上面提供的数据框中绘制数据，如下所示：

我正在使用参考图表来填充绘图的条形。

我希望 df 的行名是 x 轴标签，而 df 的列名是图例。

但是，我不断收到此错误：

我知道这是因为rownames(df)长度为 10 和colnames(df)长度为 13（显然不相等），但我不确定如何解决此问题，以便数据框中的数据显示在条形图中。

或者，如果我使用 交换列和行t(df)，如下所示：

我收到此错误：

我不知道这个错误是什么意思或为什么我得到它。

抱歉，我无法提供它应该是什么样子的图像，但希望你能了解它的基本概念。

任何帮助将非常感激。

我的 inst/extdata 中有一个文件 helper.RData 文件，其中包含要由我的包中的函数使用的变量和数据集，但不意味着用户可以访问。

我使用以下方法在包的开头加载它：

由于文件很大，这需要相当多的时间，而且在开发过程中尤其烦人（我使用了相当多的 loot 包中的函数load_all()）devtools。

我宁愿让它延迟加载，以便仅在实际需要时加载文件。

我怎样才能做到这一点？

我正在构建的包中有一个函数，它将十六进制代码分配给全球环境以供分析师使用......

我的单元测试代码是：

当我手动运行代码时，没有错误：

当我运行 test_file() 时也不会出错

但是，当我将测试作为 devtools 工作流程的一部分运行时：

任何人对为什么会发生这种情况以及如何解决这种情况有任何想法？

我正在开发一个 R 包，它使用 Bioconductor 包“methyilumi”中提供的第三方功能

在开始时我的 R 包的代码中，我使用library(methylumi).

在开发过程中（我使用 roxygen2 和 devtools）一切正常。但是，当我安装包并运行我的功能时，我收到错误： could not find function "methylumIDAT".

当然，如果我手动导入包，一切都解决了，但我怎样才能让methylumi我在加载自己的包时可用？