问题标签 [datajoint]

For questions regarding programming in ECMAScript (JavaScript/JS) and its various dialects/implementations (excluding ActionScript). Note JavaScript is NOT the same as Java! Please include all relevant tags on your question; e.g., [node.js], [jquery], [json], [reactjs], [angular], [ember.js], [vue.js], [typescript], [svelte], etc.

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datajoint - 在 Matlab 中删除 Datajoint 模式?列出数据库服务器上的模式?

寻找如何使用 Datajoint 的 Matlab 3.4 实现从 SQL 数据库服务器中删除整个 Datajoint 模式(相当于 Python 中的 schema.drop(True))

以及如何列出服务器上存在的所有模式(Python 中的 dj.list_schemas())。

有一个文档页面用于删除表及其依赖项,但不是整个模式。

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datajoint - 在make fxn中将datajoint键设置为不同的变量

想知道为什么以及何时需要在 datajoint 的自动填充表中的 make/maketuples 函数中将键设置为不同的变量,如此处的文档中所示

在本例中,零件表 SegmentationROI 定义如下:

将键重命名为单独的变量实体(实体 = 键)然后插入它的目的是什么?

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python - Datajoint dependencies with custom key_source

I use non-dependent tables to restrict using a custom key source. As an example, my pipeline stages are all parameterized and use a mixin key_source to specify which parameters are used for each stage for a given dataset:

I have other examples that use a custom query to do a restriction:

This works great for data processing, but the dependencies are not explicit in the table definition. Therefore, I lose the ability to use cascades to propagate deletions from the non-dependent tables in the custom key_source -- which violates data integrity in some respects. Also, when using dj.create_virtual_module, underlying functions like _jobs_to_do will not be correct. Is there an alternate design that could allow me to keep these functionality?

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python - InvalidXMLError:InvalidXMLError:消息:“BucketLocationConstraintResult”XML 不可解析

我正在按照此处的说明为 datajoint 设置本地数据库:https ://github.com/datajoint/mysql-docker 。

mySQL 数据库可以工作,但现在我想使用 MinIO 作为外部存储。我使用 docker-compose 将 MySQL 和 MinIO 作为服务启动,并为外部存储设置 dj.config。尽管运行以使其与 s3 兼容,我仍在使用 MinIO 服务。

这是我的 dj.config:

但是我在填充表格时得到了一个奇怪的解析。这是错误堆栈:

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datajoint - datajoint "join" 运算符是否要求表在共享辅助属性上具有相同的值?

我是加州大学旧金山分校 Loren Frank 实验室的研究员。在依赖于两个上游表的计算数据联合表上调用填充时,这些表的条目具有相同的共享主属性值但不同的共享辅助属性值(“analysis_file_name”),我收到以下错误:

为了弄清楚为什么会出现这种情况,我们实验室目前有一个工作流,其中所有将数据存储在 nwb 文件中的 datajoint 表都具有辅助属性“analysis_file_name”,其中包含存储数据的分析文件的名称。因此,跨两个表的条​​目可以共享主要属性的值,但次要属性“analysis_file_name”的值不同。上述错误似乎在“连接”两个这样的表时出现,例如在依赖于这些表的第三个表的自动填充期间。来自 datajoint 的人能否澄清是否加入两个表(例如,在依赖于这些表的第三个表的自动填充期间),必须是在共享主属性处具有相同值的条目在共享的次要属性上具有相同的值?感谢您对此的任何澄清。

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python - 查询部分字符串的 varchar 条目

我想知道是否有一种方法可以查询表以获取与字符串的部分匹配。

例如,我有一张列出药物治疗的表格,但有时一次治疗中有多种药物。这些作为 varchar 条目进入数据库,两种药物用分号分隔(如果有帮助,可以更改此格式)。

我知道我可以查询一个完整的字符串,即

但是,如果我的条目是“gabazine;TPMPA”,有没有办法只查询“TPMPA”并找到所有包含“TPMPA”的字符串?

或者,我可以制作一个仅填充有多种药物的案例的零件表,然后我可以使用它来查询这些案例,但我不确定如何设置条目以便在药物数量可变时更好地查询(即有没有办法使用 python 列表在 blob 内进行查询?)

这是我的表,其中包含一些条目以防万一: 我的表

和我的表定义(部分表仅作为虚拟对象存在):

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datajoint - 当上游表中的多个条目对下游表中的一个条目时指定表依赖关系

我想创建一个依赖于上游表中的多个条目(大约 20 个)的数据联合计算表。我知道可以使用 .proj 方法创建一个依赖于上游表中的多个条目的表来重命名主键,但我认为这不适用于我的情况,因为 datajoint 限制了允许的主键数量16. 有什么方法可以指定上游表和下游表之间的正式依赖关系,因为这样做需要下游表中的主键数量超过允许的数量?提前感谢您的帮助。

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mysql - 在限制其部分表后从 DataJoint 表中删除时 MySQL OperationalError:“您无法指定目标表:'part_table'”

在带有 MySQL 5.7 的 Ubuntu 上使用 DataJoint Python (0.12.9)。

我认为这是一个相当标准的操作时遇到了错误。

有一个以Tablepart命名的表Table.Part

限制Table如下:

Table给了我共同的条目Table.Part。但是,将其包装在删除语句(deletedelete_quick)中,如下所示:

给我以下错误:

不明白为什么“目标表”在'#table__part'这里,当我试图从'#table'.

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datajoint - FreeTable 的目的是什么?它与用户表的行为不同。它没有包含在文档中

环境:带有 MySQL 5.7 的 Ubuntu 上的 DataJoint 版本 (0.12.9)

FreeTable 的概念很好。提供一个dj.conn()对象,full_table_name并创建一个您可以操作的表,独立于模块、虚拟模块和模式。

但是,此表的行为与其他用户表不同。例如,如果您使用两个不应有重叠结果的字典进行限制,则普通表将返回一个空集。但是,FreeTable 只返回第二个字典的结果。

例如:

应该返回一个空表,因为 and entry 不能同时为 1 和 0。

但是,在这种情况下,返回的表等效于:

(同样{'exists': 1}在第二个位置查询返回FreeTable & {'exists': 1}

以下按预期工作并返回没有结果的表:

我相信发生这种情况的原因是因为FreeTable继承自Table而不是UserTable,元类属性在哪里生效。

我的问题是,它的目的是什么FreeTable,为什么它不能继承它的属性,UserTable所以它可能更有用?