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我有以下 Python 正则表达式：

xml_parse = re.search(r'^.+?<Hit_accession>(\w+?)</Hit_accession>.+?<Hsp_qseq>(\w+?)</Hsp_qseq>\s+?<Hsp_hseq>(\w+?)</Hsp_hseq>\s+?<Hsp_midline>(.+?)</Hsp_midline>',string,flags=re.DOTALL)

对于以下文本：

<?xml version="1.0"?>
 <Hit_accession> Desired Group #1 </Hit_accession>
<Hsp>
 <Hsp_qseq> Desired Group # 2 </Hsp_qseq>
 <Hsp_hseq> Desired Group # 3 </Hsp_hseq>
 <Hsp_midline> Desired Group # 4 </Hsp_midline>
</Hsp>

... way later in the XML string

 <Hit_accession> Undesired Group #1 </Hit_accession>
<Hsp>
 <Hsp_qseq> Undesired Group # 2 </Hsp_qseq>
 <Hsp_hseq> Undesired Group # 3 </Hsp_hseq>
 <Hsp_midline> Undesired Group # 4 </Hsp_midline>
</Hsp>

正在返回的组是：
(1) 所需组 #1
(2) 不需要的组 #2
(3) 不需要的组 #3
(4) 不需要的组 #4

为什么会这样？因为我得到了 Desired Group #1 并使用非贪婪的 .+? 使用 flags=re.DOTALL，我希望它不会跳过任何我想要的组 2-4。

提前致谢。

更新：

最终使用 xml.etree.ElementTree 如下：

tree = xml.etree.ElementTree.fromstring(string)
iteration = tree.find("BlastOutput_iterations/Iteration")
hits = iteration.findall("Iteration_hits/Hit")
topHit = hits[0]
accessionNCBI = topHit.findtext("Hit_accession")

发现以下链接对 NCBI BLAST 特定的 XML 解析示例有用： http ://www.dalkescientific.com/writings/NBN/elementtree.html

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1 回答 1

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嗯，XML 和正则表达式。看起来很有趣。

您如何使用内置的 Python XML 库，例如 libxml2 或 ElementTree？

from xml.etree.ElementTree import ElementTree
doc = ElementTree(file='myfile.xml')

for e in doc.findall('/Hit_accession'):
    print e.get('Hsp_qseq').text

说真的，你会省去很多麻烦。正则表达式不适用于 XML 解析。

于 2012-03-04T09:49:34.977 回答