hamming-distance - 汉明距离

Question

我的工作是遗传学，我正在使用汉明距离（在 Matlab 中）来计算病毒基因型之间的遗传距离。

例如：1型的结构是01234，2型的结构是21304等。显然存在许多基因型。因为基因型的长度相同，所以我认为使用汉明距离就可以了。

我的问题是：如何根据汉明距离对基因型进行排序。另一种说法：如何根据它们之间的汉明距离将基因型分类成簇？

谢谢

Answer 1

您可以使用严格的方法对此类数据进行聚类。根据距离矩阵，您可以使用UPGMA或邻居加入

单链接或完全链接也是基于距离的聚类方法。