我想计算残差中的所有三个二面角。
calc_dihedral(atom1, atom2, atom3, atom4)Biopython 需要四个原子的向量坐标作为参数，并返回单个值的输出。我不确定三个角度输出中的哪一个。
请建议残基中的哪些原子需要计算哪个角度以及原子坐标应以什么顺序在函数中作为参数给出。
问问题
1556 次
2 回答
3
二面角沿着由四个原子 1、2、3 和 4 组成的链中的原子 2 和 3 的键“扭曲”。
在 Ramachandran 图中使用了两个二面角 psi 和 phi，在 Biopython 中很容易得到这些 - 见http://www.warwick.ac.uk/go/peter_cock/python/ramachandran/calculate/
你在找哪三个角度？
于 2012-02-12T12:53:29.240 回答
1
我们只需要主链原子 N、CA、C。所以对于蛋白质链，我们得到 N,CA, C,N,CA,C ,N,CA,C,N,CA,C。
我们需要在平面中定义它们，找出我们需要两个平面（plane1：C，N，CA）（plane2：N，CA，C）的角度。我们忽略了第一个残差的 N,CA。只考虑加粗的原子。所以你提交粗体原子（一个残基的3个原子和第二个残基的第4个原子。）我不知道欧米茄。
于 2012-06-06T05:25:19.887 回答