我刚刚发现了 HDF5 格式，并且正在考虑使用它来存储分布在 Java 应用程序服务器集群上的 3D 数据。我发现有几种可用于 Java 的实现，并想知道它们之间的区别：
Java HD5 接口 (JHI5) HDF 组本身的 Java 包装器。
Nujan：纯 Java NetCDF4 和 HDF5 编写器（无法读取 HDF5）
最重要的是，我想知道：
覆盖了多少原生 API，原生 API 中不存在的任何限制？
是否支持“Parallel HDF5”？
加载 3D 数据后，每次访问 3D 数组中的一个元素时是否都会获得“本机调用开销”？也就是说，数据实际上是变成了 Java 对象，还是留在“本机/JNI 内存”中？
特定实现是否存在已知的稳定性问题，因为本机代码崩溃通常会使整个 JVM 崩溃？
HDF Java 遵循分层方法：
JHI5 - 低级 JNI 包装器：非常灵活，但使用起来也很乏味。
Java HDF 对象包 - 基于 JHI5 的高级接口。
HDFView - 基于 Java HDF 对象包的基于 Java 的查看器应用程序。
JHDF5 提供了一个建立在 JHI5 层之上的高级接口，它为 Java 提供了 HDF5 的大部分功能。该 API 的学习曲线很浅，并且对开发人员隐藏了大部分的内务工作。您可以在作为 JHDF5 一部分的 JHI5 接口上运行 Java HDF 对象包（和 HDFView），因此这两个 API 可以在一个 Java 程序中共存。
Permafrost 和 Nujan 在这一点上似乎还远未完成，Permafrost 最近没有看到很多活动，因此它们似乎不是此时的首选。
我认为对您来说一个好的方法是查看 Java HDF5 对象包和 JHDF5，确定这两个 API 中的哪一个更适合您的需求并使用那个。
免责声明：本人做过JHDF5接口，可能有偏见。
只是想指出另一个选项，jhdf.io，它是 HDF5 的纯 Java 库。目前它是只读的，不包括完整的 HDF5 规范。但是它可以打开和读取大量的 HDF5 文件，我希望随着时间的推移对其进行改进。作为纯 Java，它比其他选项更容易集成到其他 Java 项目中，并且避免了与 JNI 相关的问题。
免责声明：我是jhdf图书馆的作者。
另一个用 Java 处理 HDF5 文件的 API 是HDFql。它的主要特征之一是声明性的。这使得处理 HDF5 文件（非常）更容易，因为您只需告诉 HDFql做什么，而不是在使用上述 API 之一时告诉如何去做（所有这些 API 都是必要的）。