这可能是一个相当微不足道的问题，但让我困惑了很长一段时间。当我安装通用文档转换器pandoc并将其添加到我的路径时，这一切都开始了。因此，当我echo $PATH在 Mac OS X 上的默认终端上执行操作时，它会显示pandoc并且我能够执行它。
但是，当我尝试在 R 会话中使用 调用相同的内容时system(pandoc --version)，它无法识别pandoc. 进一步检查显示，system('echo $PATH')它不会返回我在终端上得到的相同路径。
任何人都可以帮我解决正在发生的事情吗？我喜欢RStudio在pandoc. 因此需要弄清楚这一点。
R 和 bash（无疑是 Rstudio）各自创建独立的环境。Terminal.app 使用自己的默认 PATH 设置启动 bash 会话。当 Simon Urbanek 最近回答这个问题时，他将提问者推荐给 R-Mac-FAQ 12.19。他的完整回复在 R-SIG-MAC 档案中。在我的邮件客户端上，它的主题行显示为 Re: [R-SIG-Mac] PATH，日期为 2012 年 1 月 30 日。他还将提问者推荐给：http: //developer.apple.com/library/mac/# qa/qa1067/_index.html
正如?EnvVar告诉你的那样：“Sys.getenv并Sys.setenv在 R 会话中读取和设置环境变量。” 但是，您似乎已经意识到这些功能。