data-visualization - 可视化 Weka 分类树

Question

我正在使用一些在线可用的数据集并尝试可视化树。但是，它根本不允许我想象树选项。谁能指导我如何使用在线可用的数据集在 weka 中获取树形图？

Answer 1

例如，请看这里http://maya.cs.depaul.edu/classes/ect584/weka/classify.html 。

首先，您必须以通常的方式拟合您的决策树（我在iris数据集上使用了 J48 分类器）。在结果列表面板（Weka 资源管理器左下角）中，右键单击相应的输出并选择“可视化树”，如下所示。

如果您安装了Prefuse 插件，您甚至可以在更漂亮的布局上可视化您的树。

Answer 2

如果你想通过 java 程序来做，写下面的程序：

import java.awt.BorderLayout;
import java.io.BufferedReader;
import java.io.FileReader;

import weka.classifiers.*;
import weka.classifiers.trees.J48;
import weka.core.Instances;
import weka.gui.treevisualizer.PlaceNode2;
import weka.gui.treevisualizer.TreeVisualizer;

public class WekaJ48 {
public static void main(String args[]) throws Exception {
     // train classifier
     J48 cls = new J48();
     Instances data = new Instances(new BufferedReader(new File    
Reader("D:\\sample.arff")));
     data.setClassIndex(data.numAttributes() - 1);
     cls.buildClassifier(data);

     // display classifier
     final javax.swing.JFrame jf = 
       new javax.swing.JFrame("Weka Classifier Tree Visualizer: J48");
     jf.setSize(500,400);
     jf.getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
     TreeVisualizer tv = new TreeVisualizer(null,
         cls.graph(),
         new PlaceNode2());
     jf.getContentPane().add(tv, BorderLayout.CENTER);
     jf.addWindowListener(new java.awt.event.WindowAdapter() {
       public void windowClosing(java.awt.event.WindowEvent e) {
         jf.dispose();
       }
     });

     jf.setVisible(true);
     tv.fitToScreen();
   }

}

您将看到一个显示树的弹出窗口。

Answer 3

使用包含包管理器的Weka 3.7 ，您可以执行以下操作：

访问http://weka.wikispaces.com/Unofficial+packages+for+WEKA+3.7 并阅读有关包的文本，然后访问

可视化

graphviz-treevisualize -- 在资源管理器中使用 GraphViz 可执行文件从树（例如 J48）生成漂亮的图形。

将此网址复制到剪贴板：

https://github.com/fracpete/graphviz-treevisualize-weka-package/releases/download/v2014.8.1/graphviz-treevisualize-2014.8.1.zip

（我认为这是来自 weka 开发人员之一的 github 存储库。该链接将来可能会略有变化）

打开包管理器，点击“文件/URL”按钮，从剪贴板输入这个URL，安装包。

现在运行一个分类器。右键单击结果列表（见图）

然后，您可以将决策树可视化为漂亮的位图图形，并使用“另存为”对话框将其导出为 .bmp、.png、.eps 文件。（.eps 文件将包含一个嵌入的位图对象）：

如果您需要矢量图形输出，请从命令行运行分类，并导出为 .dot 文件格式。

java -Xmx1024M -cp /usr/local/lib/R/site-library/RWekajars/java//weka.jar weka.classifiers.trees.J48 -t breast-cancer.arff -C 0.25 -M 2 -g > breast-cancer.arff.dot

然后转成svg格式：

dot -o breast-cancer.arff.dot.svg breast-cancer.arff.dot -Tsvg

在 Java 中，实现这一点的代码位于 packages/graphviz-treevisualize-2014.8.1.jar

 weka/gui/visualize/plugins/GraphVizPanel.class
 weka/gui/visualize/plugins/GraphVizTreeVisualization.class
 weka/gui/visualize/plugins/GraphVizTreeVisualization.props
 weka/gui/visualize/plugins/GraphVizTreeVisualizationPlugin$1$1.class
 weka/gui/visualize/plugins/GraphVizTreeVisualizationPlugin$1$2.class
 weka/gui/visualize/plugins/GraphVizTreeVisualizationPlugin$1.class
 weka/gui/visualize/plugins/GraphVizTreeVisualizationPlugin.class

Answer 4

“可视化树”选项是禁用的，因为您没有安装适当的可视化插件。一些基于树的分类算法（如 R48 和 RandomTree）使用“prefuse 可视化工具包”，因此要可视化树需要安装prefuseTree插件。

使用内置 Package Manager 的 Weka 3.7.* 轻松安装插件。

Answer 5

如果您使用的是 WEKA 的命令行（简单 CLI），您可以使用参数-g输出图形信息，然后在GraphViz中使用它。

在 iris 数据集上运行 J48：

`java weka.classifiers.trees.J48 -C 0.25 -M 2 -t "C:\datasets\iris.arff" -g`

输出：

digraph J48Tree {
N0 [label="petalwidth" ]
N0->N1 [label="<= 0.6"]
N1 [label="Iris-setosa (50.0)" shape=box style=filled ]
N0->N2 [label="> 0.6"]
N2 [label="petalwidth" ]
N2->N3 [label="<= 1.7"]
N3 [label="petallength" ]
N3->N4 [label="<= 4.9"]
N4 [label="Iris-versicolor (48.0/1.0)" shape=box style=filled ]
N3->N5 [label="> 4.9"]
N5 [label="petalwidth" ]
N5->N6 [label="<= 1.5"]
N6 [label="Iris-virginica (3.0)" shape=box style=filled ]
N5->N7 [label="> 1.5"]
N7 [label="Iris-versicolor (3.0/1.0)" shape=box style=filled ]
N2->N8 [label="> 1.7"]
N8 [label="Iris-virginica (46.0/1.0)" shape=box style=filled ]
}

在 GraphViz 中：