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我想使用 Rcpp 提高我的一些 R 代码的速度。但是，我对 C++ 的了解很少。因此，我检查了 Rcpp 提供的文档，以及 Dirk Eddelbuttel 网站上提供的其他文档。阅读完所有内容后，我尝试执行一个我用 R 编写的简单循环。不幸的是，我无法做到。这是R函数：

Inverse Wishart

beta = matrix(rnorm(15),ncol=3)

a = rnorm(3) 

InW = function(beta,a) {

    n = nrow(beta)
    p = ncol(beta)
    I = diag(rep(1,times = p))
    H = matrix(0,nrow=p,ncol=p)
    for(i in 1:n){
    subBi = beta[i,]
          H = H + tcrossprod(a - subBi)
        }
    H = H + p * I

    T = t(chol(chol2inv(chol(H))))
    S = 0
    for(i in 1:(n+p)){
        u <- rnorm(p)
        S = S + tcrossprod(T %*% u)
        }
    D = chol2inv(chol((S)))
    ans = list(Dinv = S,D=D)
}

如果有人可以帮助我，我真的很感激，因为它将作为学习 Rcpp 的起点。

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RcppArmadillo 的一个基本例子是这样的，

require(RcppArmadillo)
require(inline)

code <- '
  arma::mat beta = Rcpp::as<arma::mat>(beta_);
  int n = beta.n_rows; int p = beta.n_cols;
  arma::mat Ip = arma::eye<arma::mat>( p, p );
  int ii;
  double S=0;
  for (ii=0; ii<(n+p); ii++) {
    S += ii; // dummy calculation
  }
  return Rcpp::wrap(S);
 '

fun <- cxxfunction(signature(beta_ ="matrix"),
                       code, plugin="RcppArmadillo")

m <- matrix(1:9,3)
fun(m)

您可以浏览犰狳的文档以找到更高级的点点滴滴。

于 2012-02-06T06:06:10.067 回答
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我的第一个问题的答案如下所示。这可能不是有效的方法，但 Rcpp 代码给出的结果与 R 代码相同。我感谢巴蒂斯特的帮助。

code <- '<br/>
arma::mat beta = Rcpp::as<arma::mat>(beta_);
arma::rowvec y = Rcpp::as<arma::rowvec>(y_);
int n = beta.n_rows; int p = beta.n_cols;
arma::mat Ip = arma::eye<arma::mat>( p, p );
int ii;
arma::mat H1 = beta,  d;
arma::mat H2=H1.zeros(p,p);
arma::rowvec S;
for (ii=0;ii<n;ii++){
S= beta.row(ii);
d = trans(y - S)*(y-S);
H2 = H2 + d ;
}
arma::mat H = chol(H2+p*Ip);
arma::mat Q , R;
 qr(Q,R,H);
arma::mat RR = R;
arma::mat TT = trans(chol(solve(trans(RR)*RR,Ip)));
int jj;
arma::mat SS = H1.zeros(p,p);
arma::colvec u;
arma::colvec V;
for(jj=0;jj<(n+p);jj++) {
       u = rnorm(p);
       V = TT*u;
      SS = SS + V * trans(V);
      }
arma::mat SS1 = chol(SS);
arma::mat Q1 , R1;
qr(Q1,R1,SS1);
arma::mat SS2 = R1;
arma::mat D = solve(trans(SS2)*SS2,Ip);
return Rcpp::List::create(Rcpp::Named("Dinv")=SS,Rcpp::Named("D")=D);
'
fun = cxxfunction(signature(beta_ ="matrix",y_="numeric"),code, plugin="RcppArmadillo")
m = matrix(rnorm(100),ncol=5)
vec = rnorm(5)
fun(m,vec)
于 2012-02-23T06:10:51.860 回答